Liens

Lecture recommandée

Notions de biologie moléculaire
Structure de la molécule d'ADN - notes de cours de Gilles Bourbonnais de l'Université de Laval; voir aussi les notes sur le code génétique
Molecular Biology for Computer Scientists - par Larry Hunter, en anglais (Larry Hunter. Artificial Intelligence and Molecular Biology, AAAI Press)
Notes de cours de IFT6291 par Nadia El-Mabrouk.
Le code génétique - introduction pour lycéens par Gilles Furelaud de l'Université Marie-Curie.
Alignement de deux séquences
Notes de cours sur l'alignement de deux séquences par Robert Giegerich et David Wheeler à l'École Virtuelle de Sciences Naturelles, Bielefeld/Allemagne (en anglais).
Notes de cours de IFT6291 par Nadia El-Mabrouk.
Mécanismes de régulation de l'expression génétique
Notes de cours sur le synthèse de protéines chez les procaryotes, par Alain Francina, pour un cours à l'Université Lyon 1.
Maladies
Maladie de Huntington (OMIM) et le site Web de la société Huntington de Canada.
Syndrome de l'X fragile (OMIM) et un article sur ce sujet par François Rousseau
HMM: modèle de Markov caché
Laurent Bréhélin et Olivier Gascuel. Modèles de Markov cachés et apprentissage de séquences. Le temps, l'espace et l'évolutif en sciences du traitement de l'information, Éditions Cépaduès, H. Prade, R. Jeansoulin et C. Garbay éditeurs, p. 407-421, 2000. Vous pouvez télécharger une copie locale. Un excellent article (Bréhélin et Gascuel) en français sur les modèles de Markov cachés et leur leur utilisation pour l'alignement. Vous y trouvez tout ce qui est nécessaire, les articles de revue par Rabiner et Eddy sont optionnels.
Lawrence R. Rabiner. A tutorial on Hidden Markov Models and selected applications in speech recognition. Proceedings of the IEEE, volume 77, issue 2, pages 257-286, février 1989. C'est un article classique sur les HMMs, introduits dans le contexte de reconnaissance de parole. Je vous recommend de le lire au moins jusqu'à la Solution to Problem 3 sur page 264. Vous pouvez télécharger l'article (sur une machine à l'UdeM) ou copier ~csuros/pub/rabiner.pdf sur les machines de DIRO.
Sean R. Eddy. Profile hidden Markov models. Bioinformatics, volume 14, issue 9. pages 755-763, 1998. C'est un article de revue que je vous recommend à lire. Vous pouvez télécharger l'article (sur une machine à l'UdeM) ou copier ~csuros/pub/eddy.pdf sur les machines de DIRO.
Recherche d'une séquence
Algorithmes pour recherche exacte: présentation et animation en Java par Thierry Lecroq - un livre excellent sur tous les algorithmes.
Expression de gènes
L'équipe puces à l'Eacute;cole Normale Supérieure. Vous trouverez une présentation sur le principe parmi d'autre info.
Les articles en exercice 2 de devoir 5.
Calcul moléculaire
Laboratory for Biomolecular Computing, Weizmann Institute: laboratoire de Ehud Shapiro. Suivez les liens vers les présentations.
Y. Benenson, R. Adar, T. Paz-Elizur, Zvi Livneh, et E. Shapiro. DNA molecule provides a computing machine with both data and fuel. Proceedings of the National academy of Sciences of the USA, volume 100, issue 5, pages 2191-2196, mars 2003. C'est l'article sur l'automate fini. Vous allez trouver la même présentation sur les pages du labo de Ehud Shapiro. Vous pouvez télécharger l'article (sur une machine à l'UdeM) ou copier ~csuros/pub/benenson.pdf sur les machines de DIRO.
Clelland, Risca, et Bancroft. Hiding messages in DNA microdots. Nature, volume 399, pages 533-534, juin 1999. C'est l'article sur les messages secrets. Vous pouvez télécharger l'article (sur une machine à l'UdeM) ou copier ~csuros/pub/clelland.pdf sur les machines de DIRO.

Bases de données

SWISS-PROT
BD de connaissances sur les protéines.
Protein Data Bank
Structure 3D.
Signaling Pathway Database
Chemins de signalisation.
NCBI
Séquences, taxonomie, et litérature.
Prosite
Familles de protéines.
OMIM: Online Mendelian Inheritance in Man
BD de connaissances sur les maladies héréditaires.

Outils

EMBOSS

Organisations

Réseau de Bioinformatique Canadien