IFT3290 - hiver 2003

Bioinformatique

Professeur: Miklós Csürös
Bureau: AA 3253
Tél: 343-6111 poste 1655
E-mail: mon courriel

Horaire

TypeJour HeureLocal
coursmercredi11:30-13:30Z-205
vendredi14:30-15:30AA 1360
TPvendredi15:30-17:30AA 1177/1360

Premier cours: vendredi le 10 janvier, 14:30-17:30, AA 1360.

Préalables

IFT2010 (Programmation II) et IFT1978 (Probabilités et statistique).

Contenu général et objectifs du cours

Le thème de ce cours sera l'interaction entre la biologie et l'informatique. La biologie de notre age se relie lourdement à de grandes quantités de données sur les séquences, structures, et activités de macromolécules pour mieux comprendre la nature de l'organisme vivant. La particularité et quantité de ces données ont mené à la nécessité de développer une vaste gamme de nouvelles méthodes de calcul: la discipline de bioinformatique est née. L'interaction n'est pas unidirectionnelle non plus: de plusieurs concepts biologiques ont été importés dans l'informatique, comme le calcul moléculaire ou la vie artificielle. Ce cours offrira une introduction aux outils de bioinformatique ainsi qu'une revue de quelques notions biologiques en informatique.

Une liste provisoire de sujets abordés:

Bibliographie

Il n'y a pas de livre obligatoire: les notes de cours seront disponibles sur le site Web du cours, et des lectures occasionnelles seront distribuées. Quelques ouvrages ont été mis en réserve dans la bibliothèque de Math-Info (pavillon André-Aisenstadt):

Alain Bernot: Analyse de Génomes, Transcriptomes, et Protéomes. Dunod 2001.
Durby, Eddin, Krogh, Michinson: Biological Sequence Analysis. Cambridge University Press 1998.
Dan Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences. Cambridge University Press 1997.
Pavel Pevzner: Computational Molecular Biology (An Algorithmic Approach). MIT Press 2000.
Michael S. Waterman: Introduction to Computational Molecular Biology : Maps, Sequences, and Genomes. CRC Press 1995.

Évaluation

TPs: 30% intra: 20% final: 50%

Les deux examens seront à livre ouvert: toute documentation sera permise. L'examen final portera sur la matière de toute la session. Il y aura 3-6 travaux pratiques sans ou avec très peu de programmation. Si la meillure note des deux examens n'atteint pas le seuil de 40%, le cours est échoué.