Liens
Lecture recommandée
- Notions de biologie moléculaire
- Structure de la molécule d'ADN
- notes de cours de Gilles Bourbonnais de l'Université de Laval; voir aussi
les notes
sur le code génétique
-
Molecular Biology for Computer Scientists
- par Larry Hunter, en anglais
(Larry Hunter. Artificial Intelligence and Molecular Biology, AAAI Press)
-
Notes de cours de IFT6291
par Nadia El-Mabrouk.
- Le code génétique
- introduction pour lycéens par Gilles Furelaud de l'Université Marie-Curie.
- Alignement de deux séquences
- Notes de cours
sur l'alignement de deux séquences par
Robert Giegerich et David Wheeler à l'École Virtuelle
de Sciences Naturelles, Bielefeld/Allemagne (en anglais).
- Notes
de cours de IFT6291
par Nadia El-Mabrouk.
- Mécanismes de régulation de l'expression génétique
- Notes
de cours
sur le synthèse de protéines chez les procaryotes,
par Alain Francina, pour un cours
à l'Université Lyon 1.
- Maladies
- Maladie de Huntington (OMIM)
et le site Web de la société Huntington de Canada.
- Syndrome de l'X fragile (OMIM)
et un article sur ce sujet par François Rousseau
- HMM: modèle de Markov caché
- Laurent Bréhélin et
Olivier Gascuel. Modèles de Markov cachés et apprentissage de séquences.
Le temps, l'espace et l'évolutif en sciences du traitement de l'information,
Éditions Cépaduès, H. Prade, R. Jeansoulin et C. Garbay éditeurs, p. 407-421, 2000.
Vous pouvez télécharger une copie locale.
Un excellent article (Bréhélin et Gascuel) en français
sur les modèles de Markov cachés et leur leur utilisation pour l'alignement. Vous y
trouvez tout ce qui est nécessaire, les articles de revue par Rabiner et Eddy sont optionnels.
- Lawrence R. Rabiner. A tutorial on Hidden Markov Models
and selected applications
in speech recognition. Proceedings of the IEEE, volume 77, issue 2,
pages 257-286, février 1989. C'est un article classique sur les HMMs,
introduits dans le contexte
de reconnaissance de parole. Je vous recommend
de le lire au moins jusqu'à la
Solution to Problem 3
sur page 264. Vous pouvez
télécharger
l'article (sur une machine à l'UdeM) ou
copier ~csuros/pub/rabiner.pdf sur les machines de DIRO.
- Sean R. Eddy. Profile hidden Markov models.
Bioinformatics, volume 14, issue 9. pages 755-763, 1998.
C'est un article de revue que je vous recommend à lire.
Vous pouvez
télécharger
l'article (sur une machine à l'UdeM) ou
copier ~csuros/pub/eddy.pdf sur les machines de DIRO.
- Recherche d'une séquence
- Algorithmes pour recherche exacte: présentation
et animation en Java
par Thierry Lecroq - un livre excellent
sur tous les algorithmes.
- Expression de gènes
- L'équipe
puces
à l'Eacute;cole Normale Supérieure. Vous trouverez une
présentation sur le principe parmi d'autre info.
- Les articles en exercice 2 de devoir 5.
- Calcul moléculaire
- Laboratory for Biomolecular Computing, Weizmann Institute:
laboratoire de Ehud Shapiro. Suivez les liens vers les présentations.
- Y. Benenson, R. Adar, T. Paz-Elizur, Zvi Livneh, et E. Shapiro. DNA molecule
provides a computing machine with both data and fuel.
Proceedings of the National academy of Sciences of the USA, volume 100, issue 5, pages 2191-2196, mars 2003.
C'est l'article sur l'automate fini. Vous allez trouver la même présentation sur les pages du labo de Ehud Shapiro.
Vous pouvez télécharger
l'article (sur une machine à l'UdeM) ou
copier ~csuros/pub/benenson.pdf sur les machines de DIRO.
- Clelland, Risca, et Bancroft. Hiding messages in DNA microdots.
Nature, volume 399, pages 533-534, juin 1999. C'est l'article sur
les messages secrets.
Vous pouvez télécharger
l'article (sur une machine à l'UdeM) ou
copier ~csuros/pub/clelland.pdf sur les machines de DIRO.
Bases de données
- SWISS-PROT
- BD de connaissances sur les protéines.
- Protein Data Bank
- Structure 3D.
- Signaling Pathway Database
- Chemins de signalisation.
- NCBI
- Séquences, taxonomie, et litérature.
- Prosite
- Familles de protéines.
- OMIM: Online Mendelian Inheritance in Man
- BD de connaissances sur les maladies héréditaires.
Outils
- EMBOSS
Organisations
- Réseau de
Bioinformatique Canadien