Classification des virus
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2008-03-31T17:57:26Z
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La '''classification des virus''' ne peut être intégrée à [[Classification scientifique des espèces|celle réalisée pour les êtres vivants]] du fait que les [[virus]] ne sont pas considéré comme [[Vie|vivant]], car ne pouvant se reproduire par leurs propres moyens. C'est ainsi qu'il a été nécessaire de mettre au point une classification particulière.
Il en existe deux qui font autorité :
* la [[classification Baltimore]], proposée par [[David Baltimore]], lauréat du [[Prix Nobel de physiologie ou médecine|prix Nobel de médecine]] en [[1975]], qui est basée sur le type d'[[acide nucléique]] des virus ([[Acide désoxyribonucléique|ADN]] ou [[Acide ribonucléique|ARN]]) et son mode d'[[Expression génétique|expression]]
* la classification de l'[[International Committee on Taxonomy of Viruses]] (ICTV), qui utilise une méthode assez semblable à celle existant pour les êtres vivant ou les virus sans rangé par ordre, famille, sous-famille, genre et espèce.
Ces deux méthodes de classifications ne sont pas antagonistes et peuvent tout à fait s'intégrer l'une à l'autre, car la classification de l'ICTV reprend certains critères de la classification Baltimore.
Aucune des classifications n'est censée être [[phylogénétique]], car les virus ne partagent pas d'origine commune.
==Généralités==
Les formes variées des virus résultent du fait que l'un des deux brins d'[[Acide désoxyribonucléique|ADN]] dans lesquels toutes les formes de vie cellulaire conservent leur [[information génétique]] est redondant, et que par conséquent les virus peuvent avoir des génomes à simple ou double brin. De plus, le génome de certains virus est formé d'[[Acide ribonucléique|ARN]] plutôt que d'ADN. L'ARN est présent dans les cellules comme intermédiaire lorsque les [[gène]]s sont traduits en [[protéine]]s. Le génome des [[virus à ARN]] peut être codé dans deux directions différentes : soit les gènes sont stockés dans la direction 5'->3' (polarité positive ou +), comme celle dans laquelle les gènes sont codés dans l'[[ARN messager]] des cellules, soit ils sont stockés dans la direction opposée (polarité négative ou -).
La [[taxinomie]] des virus est similaire à celle des organismes cellulaires :
:[[Ordre (biologie)|Ordre]] (''-virales'')
::[[Famille (biologie)|Famille]] (''-viridae'')
:::[[Sous-famille (biologie)|Sous-Famille]] (''-virinae'')
::::[[Genre (biologie)|Genre]] (''-virus'')
:::::[[Espèce]]
Cependant, le code de nomenclature géré par le [[Comité International sur la Taxinomie des Virus]] diffère des autres sur plusieurs aspects. Pour l'essentiel, les noms des ordres et des familles sont mis en italiques et les noms des espèces ne suivent pas la [[nomenclature binomiale]] mais sont souvent de la forme ''[Virus] de la [maladie]''. La définition des ordres est très récente et a été délibérément lente ; à ce jour, seuls trois ont été nommés et la plupart des familles ne sont pas classées. Environ 80 familles et 4000 espèces de virus sont actuellement connues.
==Classification par type de génome==
===[[Virus à ADN]]===
====Groupe I - [[Virus à ADN à double brin]]====
* Ordre des ''[[Caudovirales]]'' ([[bactériophage]]s à queue).
** Famille des ''[[Myoviridae]]'' - exemple ''[[phage T4]]''
** Famille des ''[[Podoviridae]]''
** Famille des ''[[Siphoviridae]]'' - exemple ''[[phage lambda|phage λ]]''
* Non attribué
** Famille des ''[[Ascovirus|Ascoviridae]]''
** Famille des ''[[Adenoviridae]]'' - exemples ''[[kératite]]s'', ''[[angine]]s'' ou ''[[diarrhée]]s''
** Famille des ''[[Asfivirus|Asfiviridae]]''
** Famille des ''[[Baculoviridae]]''
** Famille des ''[[Corticovirus|Corticoviridae]]''
** Famille des ''[[Fusellovirus|Fuselloviridae]]''
** Famille des ''[[Guttavirus|Guttaviridae]]''
** Famille des ''[[hépadnavirus|hépadnaviridae]]'' - exemples les ''virus humains de l'[[hépatite B]]'' ou ''[[VHB]]''
** Famille des ''[[Herpesviridae]]'' - exemples les ''virus humains de l'[[herpès]]'' ou le ''[[VZV]]'' (virus varicelle-zona)
** Famille des ''[[Iridoviridae]]''
** Famille des ''[[Lipothrixviridae]]''
** Famille des ''[[Whispovirus|Nimaviridae]]''
** Famille des ''[[Papovaviridae]]'' - exemples ''[[Papillomavirus]]'' ou ''[[Polyomavirus]]'' (''[[SV40|virus simien 40]]'')
** Famille des ''[[Phycodnaviridae]]''
** Famille des ''[[Plasmavirus|Plasmaviridae]]''
** Famille des ''[[Poxviridae]]'' - exemples ''virus de la [[vaccine]]'', ''virus de la [[variole]]''
** Famille des ''[[Rudivirus|Rudiviridae]]''
** Famille des ''[[Tectivirus|Tectiviridae]]''
** Genres non classés
*** ''[[Mimivirus]]'' - exemple ''[[Acanthamoeba polyphaga mimivirus]]''
====Groupe II - [[Virus à ADN à simple brin]]====
* [[bactériophage]]s non classés
** Famille des ''[[Inoviridae]]''
** Famille des ''[[Microviridae]]''
* [[Virus]] non classés
** Famille des ''[[Geminiviridae]]''
** Famille des ''[[Circoviridae]]''
** Famille des ''[[Nanoviridae]]''
** Famille des ''[[Parvoviridae]]'' - exemples ''[[virus de Norwalk]]'' ou ''[[Parvovirus B19]]'' (qui dépend d'une co-infection à [[adénovirus]] pour la croissance)
** Genres non classés
*** ''[[Anellovirus]]'' - exemple ''[[Torque teno virus]]''
===[[Virus à ARN]]===
====Groupe III - [[Virus à ARN à double brin]]====
** Famille des ''[[Birnaviridae]]''
** Famille des ''[[Chrysovirus|Chrysoviridae]]''
** Famille des ''[[Cystovirus|Cystoviridae]]''
** Famille des ''[[Hypovirus|Hypoviridae]]''
** Famille des ''[[Partitiviridae]]''
** Famille des ''[[Reoviridae]]'' - exemples ''[[Rotavirus]]'' ou ''[[Orthoreovirus]]''
** Famille des ''[[Totiviridae]]''
*Genres non classés
** ''[[Endornavirus]]'' - exemple ''[[Vicia faba endornavirus]]''
====Groupe IV - [[virus à ARN simple brin à polarité positive]] (Virus (+)ssARN ou de type ARN messager)====
* Ordre des ''[[Nidovirales]]'' (Virus "nidifiés")
** Famille des ''[[Arteriviridae]]''
** Famille des ''[[Coronaviridae]]'' - exemple ''[[Coronavirus]]''
** Famille des ''[[Okavirus|Roniviridae]]''
* Non attribué
** Famille des ''[[Astroviridae]]''
** Famille des ''[[Barnavirus|Barnaviridae]]''
** Famille des ''[[Bromoviridae]]''
** Famille des ''[[Caliciviridae]]'' - exemple ''[[virus de Norwalk]]''
** Famille des ''[[Closteroviridae]]''
** Famille des ''[[Comoviridae]]''
** Famille des ''[[Dicistroviridae]]''
** Famille des ''[[Flaviviridae]]'' - exemples ''virus de la [[fièvre jaune]]'', ''[[virus du Nil occidental]]'', ''virus de l'[[hépatite C]]'', ''virus de la [[dengue]]''
** Famille des ''[[Flexiviridae]]''
** Famille des ''[[Hepeviridae]]'' - exemple ''virus de l'[[hépatite virale|hépatite E]]''
** Famille des ''[[Leviviridae]]''
** Famille des ''[[Luteoviridae]]''
** Famille des ''[[Marnavirus|Marnaviridae]]''
** Famille des ''[[Narnaviridae]]'' - virus à ARN nus
** Famille des ''[[Nodaviridae]]''
** Famille des ''[[Picornaviridae]]'' - exemples ''virus de la [[Poliomyélite]]'', ''[[Rhinovirus]]'', ''virus de l'[[hépatite A]]'', ''[[Coxsackie A virus]] et [[Coxsackie B virus]] ''
** Famille des ''[[Potyviridae]]''
** Famille des ''[[Sequiviridae]]''
** Famille des ''[[Tetraviridae]]''
** Famille des ''[[Togaviridae]]'' - exemple ''[[Rubivirus]]'' (''virus de la [[rubéole]]'')
** Famille des ''[[Tombusviridae]]''
** Famille des ''[[Tymoviridae]]''
** Genres non classés
*** Genre ''[[Benyvirus]]'' - exemple ''[[Beet necrotic yellow vein virus]]''
*** Genre ''[[Cheravirus]]'' - exemple ''[[Cherry rasp leaf virus]]''
*** Genre ''[[Furovirus]]'' - exemple ''[[Soil-borne wheat mosaic virus]]''
*** Genre ''[[Hordeivirus]]'' - exemple ''[[Barley stripe mosaic virus]]''
*** Genre ''[[Idaeovirus]]'' - exemple ''[[Raspberry bushy dwarf virus]]''
*** Genre ''[[Machlomovirus]]'' - exemple ''[[Maize chlorotic mottle virus]]''
*** Genre ''[[Ourmiavirus]]'' - exemple ''[[Ourmia melon virus]]''
*** Genre ''[[Pecluvirus]]'' - exemple ''[[Peanut clump virus]]''
*** Genre ''[[Pomovirus]]'' - exemple ''[[Potato mop-top virus]]''
*** Genre ''[[Sadwavirus]]'' - exemple ''[[Satsuma dwarf virus]]''
*** Genre ''[[Sobemovirus]]'' - exemple ''[[Southern bean mosaic virus]]''
*** Genre ''[[Tobamovirus]]'' - exemple ''[[virus mosaïque|virus de la mosaïque du tabac]]''
*** Genre ''[[Tobravirus]]'' - exemple ''[[Tobacco rattle virus]]''
*** Genre ''[[Umbravirus]]'' - exemple ''[[Carrot mottle virus]]''
====Groupe V - [[virus à ARN simple brin à polarité négative]]====
*Ordre ''[[Mononegavirales]]'' (virus à polarité négative non-segmentés)
** Famille des ''[[Bornaviridae]]'' - ''[[Borna disease|Borna disease virus]]''
** Famille des ''[[Filoviridae]]'' - exemple ''virus [[Ebola (virus)|Ebola]]'', ''virus de la [[Fièvre hémorragique de Marbourg]]''
** Famille des ''[[Paramyxoviridae]]'' - exemples ''virus de la [[rougeole]]'', ''virus des [[oreillons]]''
** Famille des ''[[Rhabdoviridae]]'' - exemples ''virus de la [[Rage]]''
*Virus à polarité négative segmentés
** Famille des ''[[Arenaviridae]]'' - exemples ''virus de la [[fièvre de Lassa]]'', ''virus Junin (fièvres d'Amérique du Sud)''
** Famille des ''[[Bunyaviridae]]'' - exemple ''[[Bunyavirus]]'' ''[[Phlebovirus]]'' ''[[Hantavirus]]''
** Famille des ''[[Orthomyxoviridae]]'' - virus de l'influenza A, B, et C (virus de la ''[[grippe]]'')
**Genres non classés
*** Genre ''[[Deltavirus]]'' - exemple ''virus de l'[[hépatite virale|Hépatite delta]]''
*** Genre ''[[Ophiovirus]]'' - exemple ''[[Citrus psorosis virus]]''
*** Genre ''[[Tenuivirus]]'' - exemple ''[[Rice stripe virus]]''
*** Genre ''[[Varicosaivirus]]'' - exemple ''[[Lettuce big-vein associated virus]]''
===Virus à ADN ou à ARN à transcription inverse===
====Groupe VI - rétrovirus à ARN simple brin====
*Famille ''[[Metaviridae]]''
*Famille ''[[Pseudoviridae]]''
*Famille ''[[Rétrovirus|Retroviridae]]'' - exemples ''[[VIH|VIH 1]]'', ''[[HTLV]]'' (''[[lymphome]]'')
====Groupe VII - Pararétrovirus à ADN double brin====
*Famille ''[[Hepadnaviridae]]'' - exemple ''virus de l'[[Hépatite B]]''
*Famille ''[[Caulimoviridae]]'' - exemple ''[[virus mosaïque|virus de la mosaïque du choux-fleur]]''
==Classification par type de capside==
Voir [[Capside]]
==Voir aussi==
* [[Virus]]
* [[Viroïde]]
* [[Virusoïde]]
* [[Provirus]]
* [[Taxonomie]]
* [[Classification scientifique]]
* [[WikiSpecies:Virus|WikiSpecies:Virus (en anglais)]]
==Liens externes ==
* {{fr}} Principes actuels de [http://anne.decoster.free.fr/d1viro/vgclass.html classification des virus]
* {{en}} Index alphabétique officiel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/Ictv/index.htm des virus, d'après l'ICTV], International Committee on Taxonomy of Viruses
* Base de données de Taxinomie : [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Taxonomy The NCBI Entrez Taxonomy Homepage]
{{Portail|médecine|microbiologie}}
[[Catégorie:Virus|*]]
[[Catégorie:Classification scientifique]]
[[da:Virus (biologi)]]
[[de:Virusklassifikation]]
[[en:Virus classification]]
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[[pt:Classificação dos vírus]]
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