Classification phylogénétique 33540 31804874 2008-07-22T22:19:21Z TXiKiBoT 195090 robot Ajoute: ar, he, lv, pam Modifie: ja {| border="1" cellspacing="0" align="right" width="200" |----- ! bgcolor="e0d0b0" | [[Classification phylogénétique]] |----- | {| align="center" |----- | '''Domaine''': || '''[[Archaea]]''' |----- | '''Domaine''': || '''[[Eubacteria]]''' |----- | '''Domaine''': || '''[[Eukaryota]]''' |} |----- ! bgcolor="e0d0b0" | [[Règne (biologie)|Règne]] |----- | {| border="0" cellspacing="0" width="200" |----- | bgcolor="pink" | [[Règne animal|Animal]]ia |----- | bgcolor="lightblue" | [[Mycota|Fungi]] |----- | bgcolor="lightgreen" | [[plante|Plantae]] |----- | bgcolor="lightyellow" | [[protiste|Protista]] |} |} La '''classification phylogénétique''' est un système de classification [[systématique]] des êtres vivants. Elle tente de remplacer la [[classification scientifique]] traditionnelle basée sur des traits multiples : [[biologie|biologiques]], [[phénotype|phénotypiques]] (anatomiques) et physiologiques (phénomènes physico-chimiques, nutrition). Une des caractéristiques de l'approche phylogénétique est que cette classification bouleverse les classifications fixistes comme celle développées par [[Carl von Linné]]. La [[nom binomial|nomenclature binomiale]] de Linné reposait sur l'adage que toutes les espèces sont apparues en même temps et que celles-ci étaient fixes. Alors que la classification phylogénétique illustre les principes d'évolutions et de parenté des espèces. == Présentation == [[Willi Hennig]] est à l'origine de la classification phylogénétique en [[1950]], il révolutionna par la suite, après la traduction en anglais de son œuvre, toute la [[systématique]] à partir de la fin des [[années 1960]]. Les caractères anatomiques des êtres vivants furent alors analysés différemment, rejoints bientôt par les caractères moléculaires. La classification phylogénétique est un système de classification des êtres vivants d'abord fondé sur ce que les êtres vivants ont (au niveau morphologique comme au niveau moléculaire), et non pas, en première instance, sur ce qu’ils n’ont pas (on évitera alors « invertébrés ») ou sur ce qu’ils font (on évitera alors « vivipares », « fouisseurs »). Ce n'est pas une classification écologique ni anthropocentrique. Elle regroupe les êtres vivants sur un type particulier de ressemblance, celles des ressemblances qui sont évolutivement innovantes au sein de l'échantillon d'espèces à classer. Elle s'oppose en cela aux classifications [[phénétique]]s qui ne trient pas la ressemblance et font des classements à partir de la ressemblance globale. Elle remplace la classification traditionnelle fondée sur une foule de critères, morphologiques mais aussi écologiques, éthologiques, anthropocentriques, et de préférences nutritionnelles. La classification phylogénétique ne valide que des groupes [[monophylie|monophylétiques]], quels que soient les caractères utilisés, moléculaires, morphologiques, anatomiques, caryologiques, génomiques. Les caractères utilisés pour construire un [[arbre phylogénétique]] ne sont valables que si ceux-ci sont des caractères [[apomorphe]]s partagés par au moins deux [[taxon]]s. (Un caractère apomorphe est un caractère ancestral qui a été transformé. Ce caractère apomorphe partagé est une [[synapomorphie]]. Seules les synapomorphies (ou caractères dérivés) caractérisent un [[clade]] ou groupe monophylétique. Ainsi, un groupe monophylétique comprend un ancêtre (ou nœud) et tous ses descendants. La première hiérarchie est donc composée de trois '''domaines''' : # [[Archaea|Archée]]s # [[Eubacteria|Bactérie]]s # [[Eucaryote]]s Savoir lesquels de ces trois groupes partagent un ancêtre commun qui les distingue du troisième est un sujet de recherche. La systématique [[phylogénie|phylogénétique]] dans sa version moderne rejette toute catégorisation des niveaux hiérarchiques. Pour des raisons pratiques, l'[[arbre du vivant]] donne lui-même la hiérarchie que tentaient de fournir les anciennes catégories. L'arbre du vivant est, en effet, un ensemble de points de branchement. Chaque niveau est assimilé à un [[taxon]]. Un taxon est un regroupement d'organisme défini par un ensemble de synapomorphies. Les points ou nœuds sont obligatoirement un organisme théorique qui posséderait les synapomorphies des nœuds postérieurs dans le cladogramme. Si cet organisme est découvert (fossiles ou autres) un nouvel arbre doit être construit. À terme, si l'arbre restitue la totalité des relations de parenté, tous les branchements devraient être binaires. Le sens des dichotomies n'a rien à voir avec la sexualité ni avec des spéciations binaires, car l'arbre n'est pas une généalogie ("qui descend de qui"), mais reflète uniquement un pouvoir explicatif maximal de l'arbre : un arbre totalement dichotomique réussit à restituer toutes les relations de parenté ("qui est plus proche de qui"). La systématique moderne prend en compte tous les caractères héritables, depuis ce qui est visible (anatomie et morphologie, fondement de la classification traditionnelle) jusqu'aux [[séquence d'ADN|séquences d'ADN]] et d'[[Acide ribonucléique|ARN]], en passant par les [[protéine]]s et les données de la [[paléontologie]]. Le séquençage de certaines parties du [[génome]], comme l'[[ADN mitochondrial|ADN des mitochondries]] ou l'[[Acide ribonucléique ribosomal|ARN des ribosomes]] a permis dans les dernières années de faire des progrès importants dans la classification et de résoudre maints problèmes séculaires. L'arbre est obtenu à partir de nombreux critères et fait appel à des algorithmes complexes. Des algorithmes différents peuvent donner des résultats différents. Dans ce cas, celui qui répondra le plus aux critères de parcimonies sera retenu. C’est-à-dire l'arbre demandant le minimum de transformation de caractères. La classification actuelle est continuellement remaniée en fonction de nouvelles informations. Le site [http://www.treebase.org/treebase/index.html treebase] fait référence. Les exemples qui suivent peuvent avoir à être modifiés. == Exemple de l'Homme == Un exemple détaillé permet d'avoir une idée de la différence de résultat, par rapport à l'approche traditionnelle. L'exemple incontournable est celui de l'Homme. Voici une partie des nœuds successifs permettant de classer l'homme (certains intermédiaires ont été omis arbitrairement) telle qu'apparaissant dans ''Classification phylogénétique du vivant'' ([[Guillaume Lecointre]] et [[Hervé Le Guyader]], édition Belin) (la description associée à chaque clade est peu rigoureuse et vise juste à fixer les idées) : * '''Espèce''' ''[[Homo sapiens]]'' * '''Genre''' ''[[Homo]]'' : inclut les espèces fossiles comme ''[[néanderthal]]'' ou ''[[Homo erectus|erectus]]'' * Hominines : les genres ''[[Australopithecus]]'' et ''Homo'' * Homininés : les deux espèces de chimpanzés et les hominines * '''Famille''' [[Hominidés]] : gorille et Homininés * Hominoïdés : on ajoute l'orang-outan * Hominoïdes : on ajoute les gibbons * Catarrhiniens : les singes de l'ancien monde * Simiiformes : [[singe]]s * Haplorrhiniens : singes et [[tarsier]]s * '''Ordre''' [[Primate]]s (''stricto sensu'') : la plus grande partie de l'ancien ordre des primates * [[Primate]]s (''lato sensu'') : s'ajoutent les [[Scandentiens]] (toupayes) * [[Archontes]] : s'ajoutent les [[Chiroptère]]s (chauve-souris) et les [[Dermoptère]]s * Preptothériens : s'ajoutent la plupart des mammifères placentaires * Euthériens : s'ajoutent les pangolins et fourmiliers ([[Xénarthres]]) pour compléter les mammifères placentaires * Thériens : s'ajoutent les marsupiaux * '''Classe''' [[Mammifère]]s : l'ancienne classe du même nom, les précédents plus les [[monotrème]]s (ornithorynques et échidnés) * [[Amniote]]s : s'ajoutent l'ancienne classe des reptiles et les oiseaux * [[Tétrapode]]s : s'ajoutent en gros les amphibiens * [[Sarcoptérygien]]s : s'ajoutent [[dipneuste]]s puis [[cœlacanthe]]s * [[Ostéichthyen]]s : s'ajoutent les actinoptérygiens (la majeure partie des « poissons osseux ») * '''[[Vertébré]]s''' : s'ajoutent les [[requin]]s puis les [[lamproie]]s * [[Craniates]] : s'ajoutent les [[myxine]]s * '''Embranchement''' [[Chordé]]s : s'ajoutent amphioxus et ascidies * [[Deutérostomien]]s : s'ajoutent les échinodermes (étoiles de mer, oursins…) * [[Bilatériens]] : animaux symétriques : s'ajoutent aux précédents, entre autres, les protostomiens qui incluent, entre beaucoup d'autres, différents groupes de vers, les arthropodes (insectes), les mollusques (escargots) * [[Eumétazoaires]] : animaux organisés, s'ajoutent aux précédents les cnidaires par exemple * [[Métazoaires]] : l'ancien règne animal, s'ajoutent aux précédents différents groupes d'éponges * [[Opisthochontes]] : s'ajoutent, entre autres, les champignons * '''Domaine''' [[Eucaryote]]s : êtres vivants à cellules à noyau ; s'ajoutent aux précédents listés ci-dessus la lignée verte (algues vertes, algues rouges, plantes à fleurs), la lignée brune (algues brunes…) et toute une collection de groupements d'espèces unicellulaires == Différences avec la classification traditionnelle == Citons enfin quelques exemples de changements spectaculaires par rapport à la [[classification scientifique|classification traditionnelle]]. * Tous les ancêtres des [[dinosaure]]s sont aussi des ancêtres des [[oiseau]]x, ce qui amène à considérer ceux-ci comme les descendants d'un groupe de petits dinosaures volants vivants au [[crétacé]]. Le concept de « [[reptile]] » est abandonné. :Précisons la relation entre oiseaux et dinosaures. Pour certains auteurs, le [[vélociraptor]] est considéré comme plus proche des oiseaux que le [[tyrannosaure]], et ce dernier est considéré plus proche des oiseaux que du [[diplodocus]]. * Les plus proches parents des [[cétacé]]s seraient les [[hippopotame]]s. Le concept d' « [[artiodactyle]]s » est abandonné. * Les plus proches parents vivants des oiseaux sont les [[crocodile]]s. * Les [[poisson]]s osseux sont plus proches des mammifères que des [[requin]]s. Le concept de « poisson » est abandonné. * L'ancien groupe des « [[algue]]s » explose en tous sens, certaines étant groupées avec les [[plante|plantes vertes]], d'autres avec les [[bactérie]]s. * Le concept de « [[protiste]] » est abandonné, au profit de groupes pouvant mélanger êtres multicellulaires et monocellulaires (par exemple les [[straménopile]]s regroupent les [[algue]]s brunes - dont les [[kelp]], jusqu'à 60 m de long - et les [[diatomée]]s unicellulaires). * La division entre [[Procaryote]]s et [[Eucaryote]]s est abandonnée, au profit de la division en trois du vivant. *L'application de cette classification aux [[angiosperme]]s est illustrée par la [[classification APG]] (Angiosperms Phylogeny Group). == Voir aussi == * [[Théorie de l'évolution]] * [[Arbre phylogénétique]] * [[Photo-guide taxinomique du monde animal]] * [[Phylogénie]] * [[Classification phylogénétique de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader]] * [[Eubacteria (classification phylogénétique)]] et pages suivantes === Liens externes === * {{en}} [http://www.mobot.org/MOBOT/Research/APweb/welcome.html Accueil de l'Angiosperm Phylogeny Group] * [http://kimura.univ-montp2.fr/~adv/arbredelavie/index.php Arbre de la vie] * [http://44.svt.free.fr/jpg/classi-phylo.htm svt 44] * [http://www.treebase.org/treebase/index.html Treebase] * [http://tolweb.org/tree/phylogeny.html Projet Tree of Life] * [http://perezyvan.free.fr/Gabriel_Neve/PDFcours2006/TP2_2006.pdf Méthodes de classification phylogénétique] === Références bibliographiques === <references /> {{Cite book | publisher = Belin | isbn = 2-7011-4273-3 | pages = 559 | last = Lecointre | first = Guillaume | coauthors = Hervé Le Guyader, Dominique Visset | title = Classification phylogénétique du vivant | location = Paris | date = 2006 }} {{Taxinomie4}} {{Portail|Origine et évolution du vivant|biologie}} [[Catégorie:Classification phylogénétique| ]] [[Catégorie:Biologie de l'évolution]] [[af:Domein (biologie)]] [[an:Dominio (biolochía)]] [[ar:نطاق (تصنيف)]] [[ca:Domini taxonòmic]] [[cs:Doména (biologie)]] [[da:Domæne (biologi)]] [[de:Domäne (Taxonomie)]] [[en:Domain (biology)]] [[eo:Domajno (biologio)]] [[es:Dominio (biología)]] [[et:Domeen (bioloogia)]] [[eu:Domeinu (biologia)]] [[ga:Fearann (bitheolaíocht)]] [[gl:Dominio (bioloxía)]] [[he:על-ממלכה]] [[hr:Domena (taksonomija)]] [[hu:Domén (rendszertan)]] [[is:Lén (líffræði)]] [[it:Dominio (biologia)]] [[ja:ドメイン (分類学)]] [[ko:도메인 (생물학)]] [[lt:Domenas]] [[lv:Impērija (bioloģiskā)]] [[mt:Dominju]] [[nl:Domein (biologie)]] [[nn:Biologisk domene]] [[no:Domene (biologi)]] [[pam:Sakup (biolohia)]] [[pl:Domena (biologia)]] [[pms:Domini (tassonomìa)]] [[pt:Domínio (biologia)]] [[ru:Домен (биология)]] [[scn:Duminiu (bioluggìa)]] [[simple:Domain (biology)]] [[sv:Domän (biologi)]] [[th:เขต (ชีววิทยา)]] [[tr:Üst âlem]] [[uk:Домен (біологія)]] [[vec:Domìnio (tasonomìa)]] [[vi:Vực (sinh học)]] [[zh:域 (生物)]]