Ensembl 1264771 30775096 2008-06-18T22:44:30Z Tooony 196117 [http://www.ensembl.org/ Ensembl] est un système [[bio-informatique]] d'annotation automatique de [[génome]]s. C'est un projet conjoint de l'[[European Bioinformatics Institute]] (EBI) et du [http://www.sanger.ac.uk/ Wellcome Trust Sanger Institute] dont l'idée centrale est d'organiser de vastes champs d'information biologique autour de [[Séquence d'ADN|séquences génomiques]]. == Annotation automatique == Pour chaque génome analysé, Ensembl tente d'identifier par un processus automatique l'ensemble des [[gène|gènes]] qu'il contient. Il s'appuie pour cela sur des données de séquences existantes ([[Acide ribonucléique|ARN]], [[protéine]]s), qu'il "raccroche" sur le génome, pour en déduire la structure des gènes. Sur cette première strate d'annotation, celle de la structure des gènes, Ensembl va ajouter d'autres éléments, parmi lesquels : * Variations communes ([[polymorphisme_(génétique)|polymorphismes]]) * Eléments régulateurs des gènes * Informations sur les [[protéines]] codées par les gènes * Annotations externes, à travers le Distributed Annotation System ([[:en:Distributed_Annotation_System|DAS]]) * Gènes similaires d'autres organismes * Maladies génétiques et syndromes cliniques == Les différentes facettes d'Ensembl == Ensembl se présente d'abord comme un '''navigateur de génomes''' (Genome Browser) permettant d'explorer et de visualiser à différents niveaux les génomes de presque une trentaine d'organismes vivants. Ensembl est aussi une '''base de données''' ouverte dans laquelle on peut librement venir puiser, soit directement, soit à travers une [[interface de programmation]], soit par le système d'interrogation [http://www.biomart.org/ BioMart]. Enfin, Ensembl est une '''infrastructure logicielle''' ouverte qui permet de construire différents systèmes organisant des données liées aux séquences génomiques. == Culture == Le projet Ensembl est animé par une culture d'ouverture extensive, ce qui se traduit par : * une pluralité de modes d'accès aux données : par le site Web, par téléchargement, par l'interface de programmation * par l'intégration de sources de données externes, en particulier par le système DAS * par l'accès à l'intégralité des programmes sources * par l'existence d'un HelpDesk et de listes de discussion == Pour aller plus loin == === Sites === * [http://www.ensembl.org/ Ensembl] * [http://vega.sanger.ac.uk/ Vega], base de données d'annotations manuelles, de haute qualité, de génomes de vertébrés * Autres navigateurs de génomes: [http://genome.ucsc.edu/ UCSC Genome Browser], [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/ NCBI Map Viewer] === Références === * [http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=17148474 Ensembl 2007]. ''Nucleic Acids Res''. 2007 Jan;35(Database issue):D610-7. * Un [http://www.genome.org/content/vol14/issue5/index.shtml#ENSEMBL_SPECIAL ensemble d'articles détaillés] a été publié en mai 2004 par la revue Genome Research. {{portail|biologie|informatique}} [[Catégorie:Bio-informatique]] [[Catégorie:Biologie moléculaire]] [[de:Ensembl]] [[en:Ensembl]] [[es:Ensembl]] [[it:Ensembl]] [[zh:Ensembl]]