Ensembl
1264771
30775096
2008-06-18T22:44:30Z
Tooony
196117
[http://www.ensembl.org/ Ensembl] est un système [[bio-informatique]] d'annotation automatique de [[génome]]s. C'est un projet conjoint de l'[[European Bioinformatics Institute]] (EBI) et du [http://www.sanger.ac.uk/ Wellcome Trust Sanger Institute] dont l'idée centrale est d'organiser de vastes champs d'information biologique autour de [[Séquence d'ADN|séquences génomiques]].
== Annotation automatique ==
Pour chaque génome analysé, Ensembl tente d'identifier par un processus automatique l'ensemble des [[gène|gènes]] qu'il contient. Il s'appuie pour cela sur des données de séquences existantes ([[Acide ribonucléique|ARN]], [[protéine]]s), qu'il "raccroche" sur le génome, pour en déduire la structure des gènes.
Sur cette première strate d'annotation, celle de la structure des gènes, Ensembl va ajouter d'autres éléments, parmi lesquels :
* Variations communes ([[polymorphisme_(génétique)|polymorphismes]])
* Eléments régulateurs des gènes
* Informations sur les [[protéines]] codées par les gènes
* Annotations externes, à travers le Distributed Annotation System ([[:en:Distributed_Annotation_System|DAS]])
* Gènes similaires d'autres organismes
* Maladies génétiques et syndromes cliniques
== Les différentes facettes d'Ensembl ==
Ensembl se présente d'abord comme un '''navigateur de génomes''' (Genome Browser) permettant d'explorer et de visualiser à différents niveaux les génomes de presque une trentaine d'organismes vivants.
Ensembl est aussi une '''base de données''' ouverte dans laquelle on peut librement venir puiser, soit directement, soit à travers une [[interface de programmation]], soit par le système d'interrogation [http://www.biomart.org/ BioMart].
Enfin, Ensembl est une '''infrastructure logicielle''' ouverte qui permet de construire différents systèmes organisant des données liées aux séquences génomiques.
== Culture ==
Le projet Ensembl est animé par une culture d'ouverture extensive, ce qui se traduit par :
* une pluralité de modes d'accès aux données : par le site Web, par téléchargement, par l'interface de programmation
* par l'intégration de sources de données externes, en particulier par le système DAS
* par l'accès à l'intégralité des programmes sources
* par l'existence d'un HelpDesk et de listes de discussion
== Pour aller plus loin ==
=== Sites ===
* [http://www.ensembl.org/ Ensembl]
* [http://vega.sanger.ac.uk/ Vega], base de données d'annotations manuelles, de haute qualité, de génomes de vertébrés
* Autres navigateurs de génomes: [http://genome.ucsc.edu/ UCSC Genome Browser], [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/ NCBI Map Viewer]
=== Références ===
* [http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=17148474 Ensembl 2007]. ''Nucleic Acids Res''. 2007 Jan;35(Database issue):D610-7.
* Un [http://www.genome.org/content/vol14/issue5/index.shtml#ENSEMBL_SPECIAL ensemble d'articles détaillés] a été publié en mai 2004 par la revue Genome Research.
{{portail|biologie|informatique}}
[[Catégorie:Bio-informatique]]
[[Catégorie:Biologie moléculaire]]
[[de:Ensembl]]
[[en:Ensembl]]
[[es:Ensembl]]
[[it:Ensembl]]
[[zh:Ensembl]]