Enterobacteriaceae
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31580889
2008-07-14T20:32:41Z
81.56.139.165
/* Définition */
{{Taxobox bactérie | Entérobactéries | EscherichiaColi NIAID.jpg | ''[[Escherichia coli]]'' <br />grossissement × 15 000 }}
{{Taxobox phylum | Proteobacteria }}
{{Taxobox classe | Gamma Proteobacteria }}
{{Taxobox ordre | Enterobacteriales }}
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{{Taxobox taxons bactérie |
[[genre (biologie)|Genres]] :
:voir texte
}}
{{Taxobox fin | microbiologie }}
Les '''entérobactéries''' (''[[Enterobacteriaceae]]'') constituent l'une des plus importantes [[Famille (biologie)|famille]]s de [[Euryarchaeota|bactéries]], autant du point de vue quantitatif (plus d'une quarantaine de [[Genre (biologie)|genre]]s) que du point de vue qualitatif. Elle regroupe ainsi de nombreux genres, très ubiquitaires, et ceux-ci sont fréquemment rencontrés en pathologie infectieuse ainsi que dans les bio-industries ([[fermentation]] de [[fromage]]s et [[produit laitier|produits laitiers]], alcools, traitements [[médecine|médicaux]] supplétifs, production de toxines à usage [[cosmétique]], [[industrie pharmaceutique]] pour la fabrication d’agents antiviraux, analyse [[biologie|biologique]] de prélèvements médicaux ou vétérinaires pour isoler en culture les agents pathogènes, un grand nombre d’industries pour effectuer des mesures de niveau de toxicité biologique...).
==Définition==
On définit classiquement les entérobactéries par 7 critères (mais il faut faire attention, avec les remaniements de familles issues des nouvelles méthodes de la [[taxonomie]], certains genres, ne répondant pas forcément à tous ces critères, font aujourd'hui partie de cette famille) :
* Bacilles Gram- de dimension moyenne ([[coccobacille]], souvent polymorphe)
* Non exigeants (culture facile)
* [[Oxydase]] - (sauf ''[[Pseudomonas]]'', Oxydase +)
* [[Recherche de la nitrate réductase|Nitrate réductase]] + (capables de réduire les [[nitrate]]s en [[nitrite]]s)
* [[Type énergétique|Aéro-anaérobies facultatifs]] (capables de pousser en présence ou en absence de dioxygène)
* Voie fermentaire de dégradation du [[glucose]] (avec ou sans production de gaz)
* Immobiles ou mobiles par ciliature péritriche (très rares exceptions : ''Plesiomonas'', ciliature polaire)
Les différences entre les nombreux [[genre (biologie)|genre]]s et [[espèce]]s viennent de critères plus précis, comme la [[fermentation]] de différents sucres, la production ou non de sulfures, la présence ou l'absence d'[[enzyme]]s du métabolisme ([[β-galactosidase]], [[désaminase]]s, [[décarboxylase]]s), le [[voies fermentaires des entérobactéries|type de fermentation]] (butan-2,3-diol ou acides mixtes). Ces critères permettent de regrouper les différents genres en « groupes », rendant les démarches d'identification plus méthodiques et plus aisées, mais qui ne correspondent pas forcément à des réalités de proximité phylogénétique (puisque ce sont des critères uniquement phénotypiques, comme l'ancienne [[classification scientifique]]).
==Écologie==
===Habitat===
Elles sont très répandues, certaines ne sont retrouvées que dans l'environnement, en particulier dans les milieux humides.
La plupart des genres comportent des espèces pathogènes qui provoquent des troubles dont la gravité varie énormément d'une souche à l'autre. Certaines sont responsables de maladies des végétaux ([[phytopathogène]]) et d'autres pour l'animal.
Ce sont des bactéries très [[ubiquitaire]]s, c'est-à-dire qu'on peut les retrouver dans de nombreux écosystèmes :
* certaines espèces sont seulement [[saprophyte]]s : milieux humides surtout, sols, eaux, végétaux, produits alimentaires,
* d'autres sont phytopatogènes : ''[[Erwinia]]'', ''[[Pantoea]]'',
* mais la plupart des espèces sont [[commensale]]s, isolées dans l'[[intestin]] de l'homme et des animaux, d'où le nom d'entérobactéries.
Elles se multiplient généralement aussi bien chez un hôte ([[commensale]]s : ''[[Escherichia coli]]'') que dans l'environnement ([[saprophyte]]s : ''[[Serratia marcescens]]''), bien que certaines [[espèce]]s soient plus adaptées à l'un ou l'autre de ces habitats.
===Les entérobactéries commensales===
Elles sont les hôtes de l'homme et des animaux chez lesquels elles résident principalement au niveau de l'intestin. On peut cependant les retrouver dans la cavité buccale, les régions humides de la peau en particulier le [[périnée]], les fosses nasales et les voies génitales féminines dans lesquelles elles peuvent constituer une flore transitaire.
Dans l'intestin, elles représentent une fraction très importante de la flore aérobie de l'intestin. Elles se retrouvent en grand nombre au niveau du [[côlon]] (du cæcum au rectum), elle contribuent à la dégradation des résidus alimentaires et à la production de gaz intestinaux ; on parle de ''flore de fermentation''.
L'espèce ''[[Escherichia coli]]'' y joue un rôle prépondérant en raison de sa présence constante et de sa large prédominance sur les autres espèces : elle constiturait 80% dans la flore aérobie avec une concentration avoisinant les 10^8 E.Coli/g de [[matière fécale|selle]]s terminales. D'autres espèces ont une présence moins marquée tel que ''[[Proteus (genre)|Proteus]]'' et ''[[Klebsiella]]'' ainsi que ''[[Citrobacter]], [[Hafnia]], [[Providencia (genre)|Providencia]], [[Enterobacter]]''... à la présence plus irrégulière.
Les germes commensaux de l'intestin ou d'ailleurs ''peuvent être pathogènes par opportunisme'' (infections urinaires, surinfection ...). Leur pathologie est non spécifique mais tient surtout du "terrain" (la nature du germe est peu importante mais le "terrain", lui, est très important. Un immunodéprimé ne réagit pas comme un sujet sain). La polyrésistance aux antibiotiques qu'ils peuvent présenter provient de [[plasmide]]s résistantes.
===Les entérobactéries pathogènes===
Comme nous l'avons dit, les espèces pathogènes possèdent une grande variabilité dans leur comportement et leur agressivité chez l'hôte. On distingue alors deux groupes d'entérobactéries pathogènes : Les '''pathogènes strictes''' et les '''pathogènes opportunistes'''.
====Les entérobactéries pathogènes strictes====
Leur présence dans l'organisme est anormale quelque soit leur nombre et entraînent souvent une infection dont la gravité dépend de leur point d'entrée. Introduite par un aliment contaminé, elles provoqueront des troubles intestinaux en adhérant sur la muqueuse intestinale puis en traversant la barrière entérocytaire. Les symptômes se caractérisent souvent par des [[diarrhée]]s importantes suivit d'une déshydratation (grave chez le [[nourrisson]])
Certaines espèces provoquent des pathologies spécifiques :
*L'espèce ''[[Salmonella typhi]]'' responsable de la [[fièvre typhoïde]] ;
*l'espèce ''[[Shigella dysenteriae]]'' est l'agent responsable de la [[dysenterie]] bacillaire ;
*l'espèce ''[[Escherichia coli]] entérotoxique'' responsable de gastro-entérite infantile ou [[Gastro-entérite infantile|GEI]] ;
*l'espèce ''[[Yersinia pestis]]'' responsable de la [[peste]].
Ces germes entéropathogènes sont agressifs par eux-même ; leur identification est donc capitale.
====Les entérobactéries pathogènes opportunistes====
Les entérobactéries opportunistes ne disposent pas d'un pouvoir pathogène suffisant pour déclencher une pathologie chez un hôte sain. Elles sont en revanche susceptibles de déclencher une infection chez un sujet [[immunodépression|immunodéprimé]] comme des ''septicémies surtout en milieu hospitalier'' (par exemple, ''[[Serratia]]'', ''[[Klebsiella]]'', etc...) ce qui les a mis sur le même pied que d'autres germes d'hôpitaux tels que le ''[[Staphylococcus]]'' et le ''[[Pyocyanique]]'', infections respiratoires, urinaires, abdominales en particulier [[iatrogène]]s en post-opératoire.
Elles peuvent être présentes dans l'intestin et faire partie intégrante de sa flore commensale, c'est ainsi que l'espèce ''[[Escherichia coli]]'' est responsable d'infection urinaire (en particulier chez la femme) lors de, par exemple, constipations chroniques.<br/>
L'espèce ''[[Klebsiella pneumoniae]]'' est parfois responsable d'infections respiratoires.
===Les entérobactéries saprophytes===
Les entérobactéries saprophytes sont présentes dans les sols, les eaux, les végétaux et dans tout type d'environnement humide en général. Elles participent à la dégradation des matières organiques. On compte parmi celles-ci : Les ''[[Proteus (genre)|Proteus]]''
(qui vivent aussi bien en saprophytes qu'en commensaux), les ''[[Providencia (genre)|Providencia]], [[Enterobacter]], [[Serratia]], [[Hafnia]]''... qui sont plus adaptés à l'environnement.
==Caractères bactériologiques==
Tous ces germes ont une morphologie identique : bâtonnets [[Gram -]], de taille et de forme variable. Certains possèdent une capsule. '''La définition des entérobactéries repose sur les critères suivants''' : bacilles Gram négatifs, immobiles ou mobiles par cils péritriches, aérobies - anaérobies facultatifs, attaquant le glucose par voie fermentaire, dépourvus d'oxydase et réduisant les nitrates.
Les genres et les espèces sont différenciés sur la base de caractères biochimiques étudiés sur des milieux rassemblés dans la "galerie d'identification" (Fermentation des sucres ; décarboxylation d'acides aminés ; production d'indole, d'acétoine, d'H2S ; désamination de la phényl-alanine ; utilisation du citrate ; etc...). Certains caractères biochimiques particuliers permettent de définir des [[biotype]]s à l'intérieur d'une espèce, par ex. [[salmonella typhi]], biotype xylose + et biotype xylose - ; cette distinction peut avoir de l'intérêt sur le plan épidémiologique.
==Toxines - Antigènes==
La paroi des entérobactéries contient un complexe lipo-saccharidique dont la partie lipidique correspond à l'[[endotoxine]], identique chez tous ces germes et responsable d'une certaine pathogénicité vasculaire : vasodilatation, altération de la perméabilité, collapsus circulatoire. La fraction polysaccharidique est antigénique et correspond à l'[[antigène somatique]] ou [[antigène O]] dont la spécificité diffère d'après les espèces. Cet Ag. résiste à la chaleur et à l'alcool. De plus, les espèces mobiles possèdent un [[antigène flagellaire]] ou [[antigène H]] (flagelline), de nature protéique, thermolabile et sensible à l'alcool. Enfin, certaines bactéries possèdent un [[antigène de surface]] ou [[antigène K]]. Cet Ag. de surface se comporte comme une enveloppe qui bloque l'agglutinabilité de l'Ag. O sous-jacent.
L'étude de ces Ag. permet la détermination de [[sérotype]]s qui complètent l'identification biochimique.
La [[lysotypie]] peut dans certains cas fournir des renseignements complémentaires sur le plan épidémiologique.
==Antibiotiques - Traitement==
Outre la résistance naturelle aux antibiotiques actifs sur les Gram positifs (pénicillines, macrolides), les entérobactéries présentent fréquemment une résistance aux [[Antibiotique|AB]] à large spectre auxquels elles sont normalement sensibles. Cette résistance est conditionnée par la présence de [[plasmide]]s ([[ADN]] extra-chromosomique) porteurs de caractères de résistances multiples et transférables à d'autres bactéries Gram négatives par [[conjugaison bactérienne]].
La détermination de la sensibilité par l'[[antibiogramme]] est donc indispensable, les souches multirésistantes étant fréquentes.
== Liste de [[Genre (biologie)|genre]]s ==
{|border="0" cellspacing="0" cellpadding="0"
|-
|valign="top"|
*''[[Alishewanella]]''
*''[[Alterococcus]]''
*''[[Aquamonas]]''
*''[[Aranicola]]''
*''[[Arsenophonus]]''
*''[[Azotivirga]]''
*''[[Blochmannia]]'' ([[candidatus]])
*''[[Brenneria]]''
*''[[Buchnera]]''
*''[[Budvicia]]''
*''[[Buttiauxella]]''
*''[[Cedecea]]''
*''[[Citrobacter]]''
*''[[Dickeya]]''
|
|valign="top"|
*''[[Edwardsiella]]''
*''[[Enterobacter]]''
*''[[Erwinia]]'', <br />p.ex. ''[[Erwinia amylovora]]''
*''[[Escherichia]]'', <br />p.ex. ''[[Escherichia coli]]''
*''[[Ewingella]]''
*''[[Grimontella]]''
*''[[Hafnia]]''
*''[[Klebsiella]]'', <br />p.ex. ''[[Klebsiella pneumoniae]]''
*''[[Kluyvera]]''
*''[[Leclercia]]''
*''[[Leminorella]]''
|
|valign="top"|
*''[[Moellerella]]''
*''[[Morganella]]''
*''[[Obesumbacterium]]''
*''[[Pantoea]]''
*''[[Pectobacterium]]''
*''[[Phlomobacter]]'' ([[candidatus]])
*''[[Photorhabdus]]''
*''[[Plesiomonas]]'', <br />p.ex. ''[[Plesiomonas shigelloides]]''
*''[[Pragia]]''
*''[[Proteus (genre)|Proteus]]'', <br />p.ex. ''[[Proteus vulgaris]]''
*''[[Providencia (genre)|Providencia]]''
*''[[Rahnella]]''
|
|valign="top"|
*''[[Raoultella]]''
*''[[Salmonella]]''
*''[[Samsonia]]''
*''[[Serratia]]'', <br />p.ex. ''[[Serratia marcescens]]''
*''[[Shigella]]''
*''[[Sodalis]]''
*''[[Tatumella]]''
*''[[Trabulsiella]]''
*''[[Wigglesworthia]]''
*''[[Xenorhabdus]]''
*''[[Yersinia]]'', <br />p.ex. ''[[Yersinia pestis]]''
*''[[Yokenella]]''
|}
==Voir aussi==
*[[Paroi bactérienne]]
*[[voies fermentaires des entérobactéries]]
{{Portail|microbiologie|médecine}}
[[Catégorie:Entérobactérie|*]]
[[Catégorie:Bactérie (nom scientifique)]]
[[ca:Enterobacteriàcia]]
[[cs:Enterobacteriaceae]]
[[de:Enterobakterien]]
[[en:Enterobacteriaceae]]
[[es:Enterobacteriaceae]]
[[eu:Enterobakterio]]
[[hr:Enterobakterije]]
[[hu:Enterobacteriaceae]]
[[ja:腸内細菌科]]
[[nl:Enterobacteriaceae]]
[[pl:Enterobakterie]]
[[pt:Enterobacteriaceae]]
[[ru:Энтеробактерии]]
[[sk:Enterobacteriales]]
[[tr:Enterobacteriaceae]]