Eubacteria (classification phylogénétique)
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2008-07-18T13:42:30Z
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{{Phylointro2|Eubacteria|Bacteria|bactéries}}
== Arbre phylogénétique ==
Les avis des spécialistes restent très divergents sur la phylogénie des [[Procaryote]]s. En ce qui concerne les taxons bactériens de niveau supérieur, l'arbre ici présenté suit globalement les dernières propositions de [[Thomas Cavalier-Smith]]. L'ancêtre "universel" n'est plus conforme à l'hypothèse "[[Last universal common ancestor|LUCA]]", puisque les [[Archaea|Archées]] et les [[Eukaryota|Eucaryotes]] s'enracinent non pas dans la même origine que les [[Eubacteria|Eubactéries]], mais au sein de celles-ci, beaucoup plus tard.
Le symbole '''▲''' renvoie à la partie de l'arbre phylogénétique de l'évolution immédiatement supérieure. Le signe '''►''' renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
=== Arbre résumé ===
[[Image:Eubacteria (Arbre résumé, mars 2008 b).jpg|thumb|right|40px|version photo]]
-o
├─o [[Chlorobacteria]] ou [[Chloroflexi]]
└─o
├─o [[Hadobacteria]] ou [[Deinococci]]
└─o [[Glycobacteria]]
├─o [[Cyanobacteria]]
│ └─o '''[[chloroplaste]]s'''
└─o
├─o [[Gracilicutes]]
│ ├─o [[Spirochaetes]]
│ └─o
│ ├─o [[Sphingobacteria]]
│ └─o [[Exoflagellata]]
│ ├─o [[Planctobacteria]]
│ └─o [[Proteobacteria]]
│ └─o '''[[mitochondrie]]s'''
└─o
├─o [[Thermotogales]]
├─o [[Selenobacteria]]
├─o [[Fusobacteriales]]
└─o [[Posibacteria]]
├─o [[Firmicutes]]
└─o [[Actinobacteria]]
│
└─o [[Neomura]]
│
├─o '''[[Eukaryota]]''' [[Eukaryota (classification phylogénétique)|►]]
│
└─o [[Archaebacteria]] ou '''[[Archaea]]''' [[Archaea (classification phylogénétique)|►]]
=== Arbre développé ===
{{boîte déroulante début|titre=Arbre développé}}
-o
├─o [[Chlorobacteria]]
│ ├─o
│ │ ├─o [[Dehalococcoidetes]]
│ │ └─o [[Anaerolineae]]
│ │ ├─o [[Anaerolineales]]
│ │ └─o [[Caldilineales]]
│ └─o
│ ├─o [[Thermomicrobia]]
│ │ ├─o [[Sphaerobacterales]]
│ │ └─o [[Thermomicrobiales]]
│ └─o [[Chloroflexi]]
│ ├─o [[Herpetosiphonales]]
│ └─o [[Chloroflexales]]
│ ├─o [[Chloroflexaceae]]
│ └─o [[Oscillochloridaceae]]
└─o
├─o [[Hadobacteria]] ou [[Deinococci]]
│ ├─o [[Thermales]]
│ └─o [[Deinococcales]]
│ ├─o [[Deinococcaceae]]
│ └─o [[Trueperaceae]]
└─o [[Glycobacteria]]
├─o [[Cyanobacteria]]
│ ├─o [[Gloeobacteriales]]
│ └─o [[Phycobacteria]]
│ ├─o [[Chroobacteria]]
│ │ ├─o [[Chroococcales]]
│ │ ├─o [[Pleurocapsales]]
│ │ └─o [[Oscillatoriales]]
│ └─o [[Hormogoneae]]
│ ├─o [[Stigonematales]]
│ └─o [[Nostocales]]
│ ├─o [[Microchaetaceae]]
│ ├─o [[Nostocaceae]]
│ ├─o [[Rivulariaceae]]
│ └─o [[Scytonemataceae]]
└─o
├─? [[Gemmatimonadetes]]
├─o [[Gracilicutes]]
│ ├─o [[Spirochaetes]]
│ │ ├─o [[Leptospiraceae]]
│ │ └─o [[Euspirochaetae]]
│ │ ├─o [[Serpulinaceae]] ou [[Brachyspiraceae]]
│ │ └─o [[Spirochaetaceae]]
│ └─o
│ ├─o [[Sphingobacteria]]
│ │ ├─o [[Fibrobacterales]]
│ │ └─o
│ │ ├─o [[Chlorobiales]]
│ │ └─o [[Bacteroidetes]]
│ │ ├─o ''[[Salinibacter]]
│ │ └─o
│ │ ├─o [[Sphingobacteriales]]
│ │ │ ├─o [[Crenotrichaceae]]
│ │ │ ├─o [[Flammeovirgaceae]]
│ │ │ ├─o [[Flexibacteraceae]]
│ │ │ ├─o [[Saprospiraceae]]
│ │ │ └─o [[Sphingobacteriaceae]]
│ │ └─o
│ │ ├─o [[Flavobacteriales]]
│ │ │ ├─o [[Blattabacteriaceae]]
│ │ │ ├─o [[Flavobacteriaceae]]
│ │ │ └─o [[Cryomorphaceae]]
│ │ └─o [[Bacteroidales]]
│ │ ├─o [[Bacteroidaceae]]
│ │ ├─o [[Rikenellaceae]]
│ │ ├─o [[Porphyromonadaceae]]
│ │ └─o [[Prevotellaceae]]
│ └─o [[Exoflagellata]]
│ ├─o [[Planctobacteria]]
│ │ ├─? [[Poribacteria]]
│ │ ├─o [[Planctomycetales]]
│ │ └─o
│ │ ├─o [[Chlamydiales]]
│ │ │ ├─o [[Chlamydiaceae]]
│ │ │ └─o
│ │ │ ├─o
│ │ │ │ ├─o [[Simkaniaceae]]
│ │ │ │ └─o [[Rhabdochlamydiaceae]]
│ │ │ └─o
│ │ │ ├─o [[Waddliaceae]]
│ │ │ └─o [[Parachlamydiaceae]]
│ │ └─o
│ │ ├─o [[Lentisphaerae]]
│ │ │ ├─o [[Lentisphaerales]]
│ │ │ └─o [[Victivallales]]
│ │ └─o [[Verrucomicrobia]]
│ │ ├─o [[Xiphinematobacteriaceae]] ou [[Spartobacteria]]
│ │ ├─o [[Verrucomicrobiales]]
│ │ └─o [[Opitutae]]
│ │ ├─o [[Opitutales]]
│ │ └─o [[Puniceicoccales]]
│ └─o
│ ├─o [[Geobacteria]]
│ │ ├─o [[Acidobacteria]]
│ │ │ ├─o [[Acidobacterales]]
│ │ │ └─o [[Solibacterales]]
│ │ └─o [[Ferrobacteria]] ou [[Geovibriales]]
│ │ ├─? [[Chrysiogenales]]
│ │ ├─o [[Nitrospirales]]
│ │ └─o [[Deferribacteres]]
│ │ ├─o ''[[Caldithrix]]''
│ │ └─o
│ │ ├─o ''[[Synergistes]]''
│ │ └─o [[Deferribacteraceae]]
│ └─o
│ ├─? [[Thermodesulfobacteriales]]
│ ├─o [[Aquificales]]
│ │ ├─o [[Aquificaceae]]
│ │ ├─o [[Desulfurobacteriaceae]]
│ │ └─o [[Hydrogenothermaceae]]
│ └─o [[Proteobacteria]]
│ ├─o
│ │ ├─o [[Epsilonproteobacteria]]
│ │ │ ├─o [[Nautiliales]]
│ │ │ └─o [[Campylobacterales]]
│ │ │ ├─o [[Campylobacteraceae]]
│ │ │ ├─o [[Helicobacteraceae]]
│ │ │ └─o [[Hydrogenimonaceae]]
│ │ └─o [[Deltaproteobacteria]]
│ │ ├─o [[Bdellovibrionales]]
│ │ ├─o [[Desulfarcales]]
│ │ ├─o [[Desulfobacterales]]
│ │ │ ├─o [[Desulfobacteraceae]]
│ │ │ ├─o [[Desulfobulbaceae]]
│ │ │ └─o [[Nitrospinaceae]]
│ │ ├─o [[Desulfovibrionales]]
│ │ │ ├─o [[Desulfovibrionaceae]]
│ │ │ ├─o [[Desulfomicrobiaceae]]
│ │ │ ├─o [[Desulfohalobiaceae]]
│ │ │ └─o [[Desulfonatronumceae]]
│ │ ├─o [[Desulfurellales]]
│ │ ├─o [[Desulfuromonadales]]
│ │ │ ├─o [[Desulfuromonadaceae]]
│ │ │ └─o [[Geobacteraceae]]
│ │ ├─o [[Syntrophobacterales]]
│ │ │ ├─o [[Syntrophobacteraceae]]
│ │ │ └─o [[Syntrophaceae]]
│ │ └─o [[Myxococcales]]
│ │ ├─o [[Cystobacterinae]]
│ │ │ ├─o [[Cystobacteraceae]]
│ │ │ └─o [[Myxococcaceae]]
│ │ ├─o [[Soranginae]] ou [[Polyangiaceae]]
│ │ └─o [[Nannocystineae]]
│ │ ├─o [[Nannocystaceae]]
│ │ ├─o [[Haliangiaceae]]
│ │ └─o [[Kofleriaceae]]
│ └─o [[Rhodobacteria]]
│ ├─o [[Alphaproteobacteria]]
│ │ ├─? [[Kopriimonadales]]
│ │ ├─? [[Kordiimonadales]]
│ │ ├─o [[Rickettsiales]]
│ │ │ ├─? [[Holosporaceae]]
│ │ │ ├─o [[Rickettsiaceae]]
│ │ │ └─o [[Anaplasmataceae]]
│ │ └─o
│ │ ├─o
│ │ │ ├─o [[Sphingomonadales]]
│ │ │ └─o [[Rhodospirillales]]
│ │ │ ├─o [[Rhodospirillaceae]]
│ │ │ └─o [[Acetobacteraceae]]
│ │ └─o
│ │ ├─o
│ │ │ ├─o [[Caulobacterales]]
│ │ │ └─o
│ │ │ ├─? [[Parvularculales]]
│ │ │ └─o [[Rhodobacterales]]
│ │ └─o [[Rhizobiales]]
│ │ ├─? [[Aurantimonadaceae]]
│ │ ├─? [[Hyphomicrobiaceae]]
│ │ ├─o
│ │ │ ├─o [[Methylobacteriaceae]]
│ │ │ └─o
│ │ │ ├─o [[Bradyrhizobiaceae]]
│ │ │ └─o
│ │ │ ├─? [[Methylocystaceae]]
│ │ │ └─? [[Beijerinckiaceae]]
│ │ └─o
│ │ ├─? [[Rhodobiaceae]]
│ │ └─o
│ │ ├─o [[Bartonellaceae]]
│ │ └─o
│ │ ├─o [[Rhizobiaceae]]
│ │ ├─o [[Brucellaceae]]
│ │ └─o [[Phyllobacteriaceae]]
│ └─o [[Chromatibacteria]]
│ ├─o [[Betaproteobacteria]]
│ │ ├─o [[Hydrogenophilales]]
│ │ ├─o [[Methylophilales]]
│ │ ├─o [[Neisseriales]]
│ │ ├─o [[Nitrosomonadales]]
│ │ │ ├─o [[Nitrosomonadacea]]
│ │ │ ├─o [[Spirillaceae]]
│ │ │ └─o [[Gallionellaceae]]
│ │ ├─o [[Procabacteriales]]
│ │ ├─o [[Rhodocyclales]]
│ │ └─o [[Burkholderiales]]
│ │ ├─o [[Burkholderiaceae]]
│ │ ├─o [[Oxalobacteraceae]]
│ │ ├─o [[Alcaligenaceae]]
│ │ └─o [[Comamonadaceae]]
│ └─o [[Gammaproteobacteria]]
│ ├─o [[Acidithiobacillales]]
│ │ ├─o [[Acidithiobacillaceae]]
│ │ └─o [[Thermithiobacillaceae]]
│ ├─o [[Aeromonadales]]
│ │ ├─o [[Aeromonadaceae]]
│ │ └─o [[Succinivibrionaceae]]
│ ├─o [[Alteromonadales]]
│ ├─o [[Cardiobacteriales]]
│ ├─o [[Chromatiales]]
│ │ ├─o [[Chromatiaceae]]
│ │ ├─o [[Ectothiorhodospiraceae]]
│ │ └─o [[Halothiobacilaceae]]
│ ├─o [[Enterobacteriales]]
│ ├─o [[Legionellales]]
│ │ ├─o [[Legionellaceae]]
│ │ └─o [[Coxiellaceae]]
│ ├─o [[Methylococcales]]
│ ├─o [[Pasteurellales]]
│ ├─o [[Pseudomonadales]]
│ │ ├─o [[Pseudomonadaceae]]
│ │ └─o [[Moraxellaceae]]
│ ├─o [[Thiotrichales]]
│ │ ├─o [[Thiotrichaceae]]
│ │ ├─o [[Francisellaceae]]
│ │ └─o [[Piscirickettsiaceae]]
│ ├─o [[Vibrionales]]
│ ├─o [[Xanthomonadales]]
│ └─o [[Oceanospirillales]]
│ ├─o [[Oceanospirillaceae]]
│ ├─o [[Alcanivoraceae]]
│ ├─o [[Hahellaceae]]
│ ├─o [[Halomonadaceae]]
│ ├─o [[Oleiphilaceae]]
│ └─o [[Saccharospirillaceae]]
└─o
├─o [[Thermotogales]] ou [[Togobacteria]]
├─o [[Selenobacteria]]
│ ├─o [[Sporomusales]]
│ └─o [[Heliobacteriales]]
├─o [[Fusobacteriales]]
└─o [[Posibacteria]]
├─o [[Endobacteria]] ou [[Firmicutes]]
│ ├─o [[Dictyoglomales]]
│ └─o
│ ├─o [[Mollicutes]]
│ │ ├─? [[Erysipelotrichaceae]]
│ │ ├─o [[Acholeplasmatales]]
│ │ ├─o [[Anaeroplasmatales]]
│ │ ├─o [[Mycoplasmatales]]
│ │ └─o [[Entomoplasmatales]]
│ │ ├─o [[Entomoplasmataceae]]
│ │ └─o [[Spiroplasmataceae]]
│ └─o [[Teichobacteria]]
│ ├─o [[Clostridia]]
│ │ ├─o [[Halanaerobiales]]
│ │ │ ├─o [[Halanaerobiaceae]]
│ │ │ └─o [[Halobacteroidaceae]]
│ │ ├─o [[Thermoanaerobacteriales]]
│ │ │ ├─o [[Thermoanaerobacteriaceae]]
│ │ │ └─o [[Thermodesulfobiaceae]]
│ │ └─o [[Clostridiales]]
│ │ ├─o [[Acidaminococcaceae]]
│ │ ├─o [[Clostridiaceae]]
│ │ ├─o [[Eubacteriaceae]]
│ │ ├─o [[Lachnospiraceae]]
│ │ ├─o [[Peptococcaceae]]
│ │ ├─o [[Peptostreptococcaceae]]
│ │ └─o [[Syntrophomonadaceae]]
│ └─o [[Bacilli]]
│ ├─o [[Lactobacillales]]
│ │ ├─o [[Aerococcaceae]]
│ │ ├─o [[Carnobacteriaceae]]
│ │ ├─o [[Enterococcaceae]]
│ │ ├─o [[Lactobacillaceae]]
│ │ ├─o [[Leuconostocaceae]]
│ │ ├─o [[Oscillospiraceae]]
│ │ └─o [[Streptococcaceae]]
│ └─o [[Bacillales]]
│ ├─o [[Alicyclobacillaceae]]
│ ├─o [[Bacillaceae]]
│ ├─o [[Caryophanaceae]]
│ ├─o [[Listeriaceae]]
│ ├─o [[Paenibacillaceae]]
│ ├─o [[Planococcaceae]]
│ ├─o [[Sporolactobacillaceae]]
│ ├─o [[Staphylococcaceae]]
│ ├─o [[Thermoactinomycetaceae]]
│ └─o [[Turicibacteraceae]]
└─o [[Actinobacteria]]
├─o [[Rubrobacterales]]
│ ├─o [[Conexibacteraceae]]
│ ├─o [[Patulibacteraceae]]
│ ├─o [[Rubrobacteraceae]]
│ ├─o [[Solirubrobacteraceae]]
│ └─o [[Thermoleophilaceae]]
└─o
├─o [[Coriobacteriales]]
└─o
├─o [[Acidimicrobiales]]
└─o [[Actinobacteridae]]
├─o [[Bifidobacteriales]]
└─o [[Actinomycetales]]
├─o [[Rarobacterineae]]
├─o [[Actinomycineae]]
├─o [[Catenulisporineae]]
│ ├─o [[Actinospicaceae]]
│ └─o [[Catenulisporaceae]]
├─o [[Pseudonocardineae]]
│ ├─o [[Actinosynnemataceae]]
│ └─o [[Pseudonocardiaceae]]
├─o [[Glycomycineae]]
├─o [[Micrococcineae]]
│ ├─? [[Intrasporangiaceae]]
│ ├─? [[Dermabacteraceae]]
│ ├─o [[Microbacteriaceae]]
│ └─o
│ ├─o [[Dermatophilaceae]]
│ ├─o [[Micrococcaceae]]
│ └─o
│ ├─o [[Cellulomonadaceae]]
│ └─o [[Promicromonosporaceae]]
└─o
├─o [[Propionibacterineae]]
│ ├─o [[Nocardioidaceae]]
│ └─o [[Propionibacteriaceae]]
└─o
├─o [[Streptomycetes]]
│ ├─o [[Frankineae]]
│ │ ├─o [[Acidothermaceae]]
│ │ ├─o [[Frankiaceae]]
│ │ ├─o [[Geodermatophilaceae]]
│ │ ├─o [[Kineosporiaceae]]
│ │ ├─o [[Nakamurellaceae]]
│ │ └─o [[Sporichthyaceae]]
│ └─o
│ ├─o [[Streptomycineae]]
│ └─o [[Streptosporangineae]]
│ ├─o [[Thermomonosporaceae]]
│ └─o
│ ├─o [[Nocardiopsaceae]]
│ └─o [[Streptosporangiaceae]]
├─o [[Corynebacterineae]]
│ ├─? [[Gordoniaceae]]
│ ├─o [[Corynebacteriaceae]]
│ └─o
│ ├─o [[Micromonosporaceae]]
│ └─o [[Mycobacteriales]]
│ ├─? [[Segniliparaceae]]
│ ├─? [[Tsukamurellaceae]]
│ ├─? [[Williamsiaceae]]
│ ├─o [[Mycobacteriaceae]]
│ └─o
│ ├─o [[Dietziaceae]]
│ └─o [[Nocardiaceae]]
│
└─o '''[[Neomura]]'''
│
├─o [[Eukaryota]] [[Eukaryota (classification phylogénétique)|►]]
│
└─o [[Archaebacteria]] ou [[Archaea]] [[Archaea (classification phylogénétique)|►]]
{{boîte déroulante fin}}
==Débat scientifique relatif à la phylogénie des Eubacteria ==
L'un des enjeux majeurs est évidemment ici la place de la racine de l'arbre universel. Depuis Carl Woese on considère qu'il y a trois « empires du vivant » (les [[Archaea]], les [[Eubacteria]] et les [[Eukaryota]]) avec une racine introuvable puisque l'analyse supposerait d'avoir un groupe externe... L'origine des [[Eukaryota]] est elle-même controversée : groupe-frère des [[Archaea]] ou des seules [[Crenarchaeota]], troisième lignée ou origine symbiotique, rôle des transferts latéraux, etc.
* La théorie de Thomas Cavalier-Smith est celle de l'apparition des « [[Neomura]] » au sein des [[Actinomycetales]], tardivement (900 millions d'années), eux-mêmes se différenciant en [[Archaebacteria]] et [[Eukaryota]].
* Comme lui, Gupta reconnaît la proximité des [[Archaea]] et des bactéries ''Gram+'', mais à partir de l'analyse des séquences des protéines, il pose la conclusion inverse : ces deux groupes sont proches de l'origine commune, les bactéries ''Gram-'' sont plus récentes et donc monophylétiques (les [[Didermata]]). Il postule par ailleurs que la cellule eucaryote provient d'une symbiose entre un éocyte (crénarchée) et une protéobactérie.
===Classification d'après le ''Bergey's''===
Cette classification, communément admise, identifie 24 phyla réputés monophylétiques, mais ne se prononce pas sur des regroupements entre eux. Dans les notes du « ''Taxonomic Outline'' », certains rapprochements, ou classements douteux, sont suggérés.
{{boîte déroulante début|titre=Classification selon le ''Bergey's'' 2004}}
└─o domaine des [[Bacteria]]
├─o embranchement des [[Aquificae]]
│ └─o classe des [[Aquificae]]
│ └─o ordre des [[Aquificales]]
│ └─o famille des [[Aquificaceae]]
├─o embranchement des [[Thermotogae]]
│ └─o classe des [[Thermotogae]]
│ └─o ordre des [[Thermotogales]]
│ └─o famille des [[Thermotogaceae]]
├─o embranchement des [[Thermodesulfobacteria]]
│ └─o classe des [[Thermodesulfobacteria]]
│ └─o ordre des [[Thermodesulfobacteriales]]
│ └─o famille des [[Thermodesulfobacteriaceae]]
├─o embranchement des [[Deinococcus]]-[[Thermus]]
│ └─o classe des [[Deinococci]]
│ ├─o odre des [[Deinococcales]]
│ │ └─o famille des [[Deinococcaceae]]
│ └─o odre des [[Thermales]]
│ └─o famille des [[Thermaceae]]
├─o embranchement des [[Chrysiogenetes]]
│ └─o classe des [[Chrysiogenetes]]
│ └─o ordre des [[Chrysiogenales]]
│ └─o famille des [[Chrysiogenaceae]]
├─o embranchement des [[Chloroflexi]]
│ ├─o classe des [[Chloroflexi]]
│ │ ├─o odre des [[Chloroflexales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Chloroflexaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Oscillochloridaceae]]
│ │ └─o odre des [[Herpetosiphonales]]
│ │ └─o famille des [[Herpetosiphonaceae]]
│ └─o classe des [[Anaerolineae]]
│ └─o ordre des [[Anaerolineales]]
│ └─o famille des [[Anaerolineaceae]]
├─o embranchement des [[Thermomicrobia]]
│ └─o classe des [[Thermomicrobia]]
│ └─o ordre des [[Thermomicrobiales]]
│ └─o famille des [[Thermomicrobiaceae]]
├─o embranchement des [[Nitrospira]]
│ └─o classe des [[Nitrospira]]
│ └─o ordre des [[Nitrospirales]]
│ └─o famille des [[Nitrospiraceae]]
├─o embranchement des [[Deferribacteres]]
│ └─o classe des [[Deferribacteres]]
│ └─o ordre des [[Deferribacterales]]
│ └─o famille des [[Deferribacteraceae]]
├─o embranchement des [[Cyanobacteria]]
│ └─o classe des [[Cyanobacteria]]
│ ├─o sous-section 1
│ │ └─o famille 1.1
│ ├─o sous-section 2
│ │ ├─o famille 2.1
│ │ └─o famille 2.2
│ ├─o sous-section 3
│ │ └─o famille 3.1
│ ├─o sous-section 4
│ │ └─o famille 4.1
│ └─o sous-section 5
│ └─o famille 5.1
├─o embranchement des [[Chlorobi]]
│ └─o classe des [[Chlorobia]]
│ └─o ordre des [[Chlorobiales]]
│ └─o famille des [[Chlorobiaceae]]
├─o embranchement des [[Proteobacteria]]
│ ├─o classe des [[Alphaproteobacteria]]
│ │ ├─o ordre des [[Rhodospirillales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Rhodospirillaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Acetobacteraceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Rickettsiales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Rickettsiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Anaplasmataceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Holosporaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Rhodobacterales]]
│ │ │ └─o famille des [[Rhodobacteraceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Sphingomonadales]]
│ │ │ └─o famille des [[Sphingomonadaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Caulobacterales]]
│ │ │ └─o famille des [[Caulobacteraceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Rhizobiales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Rhizobiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Aurantimonadaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Bartonellaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Brucellaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Phyllobacteriaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Methylocystaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Beijerinckiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Bradyrhizobiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Hyphomicrobiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Methylobacteriaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Rhodobiaceae]]
│ │ └─o ordre des [[Parvularculales]]
│ │ └─o famille des [[Parvularculaceae]]
│ ├─o classe des [[Betaproteobacteria]]
│ │ ├─o ordre des [[Burkholderiales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Burkholderiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Oxalobacteraceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Alcaligenaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Comamonadaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Hydrogenophilales]]
│ │ │ └─o famille des [[Hydrogenophilaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Methylophilales]]
│ │ │ └─o famille des [[Methylophilaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Neisseriales]]
│ │ │ └─o famille des [[Neisseriaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Nitrosomonadales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Nitrosomonadaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Spirillaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Gallionellaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Rhodocyclales]]
│ │ │ └─o famille des [[Rhodocyclaceae]]
│ │ └─o ordre des [[Procabacteriales]]
│ │ └─o famille des [[Procabacteriaceae]]
│ ├─o classe des [[Gammaproteobacteria]]
│ │ ├─o ordre des [[Chromatiales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Chromatiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Ectothiorhodospiraceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Halothiobacillaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Acidithiobacillales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Acidithiobacillaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Thermithiobacillaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Xanthomonadales]]
│ │ │ └─o famille des [[Xanthomonadaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Cardiobacteriales]]
│ │ │ └─o famille des [[Cardiobacteriaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Thiotrichales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Thiotrichaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Francisellaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Piscirickettsiaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Legionellales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Legionellaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Coxiellaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Methylococcales]]
│ │ │ └─o famille des [[Methylococcaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Oceanospirillales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Oceanospirillaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Alcanivoraceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Hahellaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Halomonadaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Oleiphilaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Saccharospirillaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Pseudomonadales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Pseudomonadaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Moraxellaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Alteromonadales]]
│ │ │ └─o famille des [[Alteromonadaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Vibrionales]]
│ │ │ └─o famille des [[Vibrionaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Aeromonadales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Aeromonadaceae]]
│ │ │ └─? famille des [[Succinivibrionaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Enterobacteriales]]
│ │ │ └─o famille des [[Enterobacteriaceae]]
│ │ └─o ordre des [[Pasteurellales]]
│ │ └─o famille des [[Pasteurellaceae]]
│ ├─o classe des [[Deltaproteobacteria]]
│ │ ├─o ordre des [[Desulfurellales]]
│ │ │ └─o famille des [[Desulfurellaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Desulfovibrionales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Desulfovibrionaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Desulfomicrobiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Desulfohalobiaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Desulfonatronumaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Desulfobacterales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Desulfobacteraceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Desulfobulbaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Nitrospinaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Desulfarcales]]
│ │ │ └─o famille des [[Desulfarculaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Desulfuromonales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Desulfuromonaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Geobacteraceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Syntrophobacterales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Syntrophobacteraceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Syntrophaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Bdellovibrionales]]
│ │ │ └─o famille des [[Bdellovibrionaceae]]
│ │ └─o ordre des [[Myxococcales]]
│ │ ├─o sous-ordre des [[Cystobacterineae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Cystobacteraceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Myxococcaceae]]
│ │ ├─o sous-ordre des [[Sorangineae]]
│ │ │ └─o famille des [[Polyangiaceae]]
│ │ └─o sous-ordre des [[Nannocystineae]]
│ │ ├─o famille des [[Nannocystaceae]]
│ │ ├─o famille des [[Haliangiaceae]]
│ │ └─o famille des [[Kofleriaceae]]
│ └─o classe des [[Epsilonproteobacteria]]
│ └─o ordre des [[Campylobacterales]]
│ ├─o famille des [[Campylobacteraceae]]
│ ├─o famille des [[Helicobacteraceae]]
│ ├─o famille des [[Nautiliaceae]]
│ └─o famille des [[Hydrogenimonaceae]]
├─o embranchement des [[Firmicutes]]
│ ├─o classe des [[Clostridia]]
│ │ ├─o ordre des [[Clostridiales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Clostridiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Lachnospiraceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Peptostreptococcaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Eubacteriaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Peptococcaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Heliobacteriaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Acidaminococcaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Syntrophomonadaceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Thermoanaerobacteriales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Thermoanaerobacteriaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Thermodesulfobiaceae]]
│ │ └─o ordre des [[Halanaerobiales]]
│ │ ├─o famille des [[Halanaerobiaceae]]
│ │ └─o famille des [[Halobacteroidaceae]]
│ ├─o classe des [[Mollicutes]]
│ │ ├─o ordre des [[Mycoplasmatales]]
│ │ │ └─o famille des [[Mycoplasmataceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Entomoplasmatales]]
│ │ │ ├─o famille des [[Entomoplasmataceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Spiroplasmataceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Acholeplasmatales]]
│ │ │ └─o famille des [[Acholeplasmataceae]]
│ │ ├─o ordre des [[Anaeroplasmatales]]
│ │ │ └─o famille des [[Anaeroplasmataceae]]
│ │ └─?
│ │ └─o famille des [[Erysipelotrichaceae]]
│ └─o classe des [[Bacilli]]
│ ├─o ordre des [[Bacillales]]
│ │ ├─o famille des [[Bacillaceae]]
│ │ ├─o famille des [[Alicyclobacillaceae]]
│ │ ├─o famille des [[Caryophanaceae]]
│ │ ├─o famille des [[Listeriaceae]]
│ │ ├─o famille des [[Paenibacillaceae]]
│ │ ├─o famille des [[Planococcaceae]]
│ │ ├─o famille des [[Sporolactobacillaceae]]
│ │ ├─o famille des [[Staphylococcaceae]]
│ │ ├─o famille des [[Thermoactinomycetaceae]]
│ │ └─o famille des [[Turicibacteraceae]]
│ └─o ordre des [[Lactobacillales]]
│ ├─o famille des [[Lactobacillaceae]]
│ ├─o famille des [[Aerococcaceae]]
│ ├─o famille des [[Carnobacteriaceae]]
│ ├─o famille des [[Enterococcaceae]]
│ ├─o famille des [[Leuconostocaceae]]
│ └─o famille des [[Streptococcaceae]]
├─o embranchement des [[Actinobacteria]]
│ └─o classe des [[Actinobacteria]]
│ ├─o sous-classe des [[Acidimicrobidae]]
│ │ └─o ordre des [[Acidimicrobiales]]
│ │ └─o sous-ordre des [[Acidimicrobineae]]
│ │ └─o famille des [[Acidimicrobiaceae]]
│ ├─o sous-classe des [[Rubrobacteridae]]
│ │ └─o ordre des [[Rubrobacterales]]
│ │ └─o sous-ordre des [[Rubrobacterineae]]
│ │ └─o famille des [[Rubrobacteraceae]]
│ ├─o sous-classe des [[Coriobacteridae]]
│ │ └─o ordre des [[Coriobacteriales]]
│ │ └─o sous-ordre des [[Coriobacterineae]]
│ │ └─o famille des [[Coriobacteriaceae]]
│ ├─o sous-classe des [[Sphaerobacteridae]]
│ │ └─o ordre des [[Sphaerobacterales]]
│ │ └─o sous-ordre des [[Sphaerobacterineae]]
│ │ └─o famille des [[Sphaerobacteraceae]]
│ └─o sous-classe des [[Actinobacteridae]]
│ ├─o ordre des [[Actinomycetales]]
│ │ ├─o sous-ordre des [[Actinomycineae]]
│ │ │ └─o famille des [[Actinomycetaceae]]
│ │ ├─o sous-ordre des [[Micrococcineae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Micrococcaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Bogoriellaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Rarobacteraceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Sanguibacteraceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Brevibacteriaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Cellulomonadaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Dermabacteraceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Dermatophilaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Dermacoccaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Intrasporangiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Jonesiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Microbacteriaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Beutenbergiaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Promicromonosporaceae]]
│ │ ├─o sous-ordre des [[Corynebacterineae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Corynebacteriaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Dietziaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Gordoniaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Mycobacteriaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Nocardiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Tsukamurellaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Williamsiaceae]]
│ │ ├─o sous-ordre des [[Micromonosporineae]]
│ │ │ └─o famille des [[Micromonosporaceae]]
│ │ ├─o sous-ordre des [[Propionibacterineae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Propionibacteraceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Nocardioidaceae]]
│ │ ├─o sous-ordre des [[Pseudonocardineae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Pseudonocardiaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Actinosynnemataceae]]
│ │ ├─o sous-ordre des [[Streptomycineae]]
│ │ │ └─o famille des [[Streptomycetaceae]]
│ │ ├─o sous-ordre des [[Streptosporangineae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Streptosporangiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Nocardiopsaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Thermomonosporaceae]]
│ │ ├─o sous-ordre des [[Frankineae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Frankiaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Geodermatophilaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Microsphaeraceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Sporichthyaceae]]
│ │ │ ├─o famille des [[Acidothermaceae]]
│ │ │ └─o famille des [[Kineosporiaceae]]
│ │ └─o sous-ordre des [[Glycomycineae]]
│ │ └─o famille des [[Glycomycetaceae]]
│ └─o ordre des [[Bifidobacteriales]]
│ └─o famille des [[Bifidobacteriaceae]]
├─o embranchement des [[Planctomycetes]]
│ └─o classe des [[Planctomycetacia]]
│ └─o ordre des [[Planctomycetales]]
│ └─o famille des [[Planctomycetaceae]]
├─o embranchement des [[Chlamydiae]]
│ └─o classe des [[Chlamydiae]]
│ └─o ordre des [[Chlamydiales]]
│ ├─o famille des [[Chlamydiaceae]]
│ ├─o famille des [[Parachlamydiaceae]]
│ ├─o famille des [[Simkaniaceae]]
│ └─o famille des [[Waddliaceae]]
├─o embranchement des [[Spirochaetes]]
│ └─o classe des [[Spirochaetes]]
│ └─o ordre des [[Spirochaetales]]
│ ├─o famille des [[Spirochaetaceae]]
│ ├─o famille des [[Serpulinaceae]]
│ └─o famille des [[Leptospiraceae]]
├─o embranchement des [[Fibrobacteres]]
│ └─o classe des [[Fibrobacteres]]
│ └─o ordre des [[Fibrobacterales]]
│ └─o famille des [[Fibrobacteraceae]]
├─o embranchement des [[Acidobacteria]]
│ └─o classe des [[Acidobacteria]]
│ └─o ordre des [[Acidobacteriales]]
│ └─o famille des [[Acidobacteriaceae]]
├─o embranchement des [[Bacteroidetes]]
│ ├─o classe des [[Bacteroidetes]]
│ │ └─o ordre des [[Bacteroidales]]
│ │ ├─o famille des [[Bacteroidaceae]]
│ │ ├─o famille des [[Rikenellaceae]]
│ │ ├─o famille des [[Porphyromonadaceae]]
│ │ └─o famille des [[Prevotellaceae]]
│ ├─o classe des [[Flavobacteria]]
│ │ └─o ordre des [[Flavobacteriales]]
│ │ ├─o famille des [[Flavobacteriaceae]]
│ │ └─o famille des [[Blattabacteriaceae]]
│ └─o classe des [[Sphingobacteria]]
│ └─o ordre des [[Sphingobacteriales]]
│ ├─o famille des [[Sphingobacteriaceae]]
│ ├─o famille des [[Saprospiraceae]]
│ ├─o famille des [[Flexibacteraceae]]
│ ├─o famille des [[Flammeovirgaceae]]
│ └─o famille des [[Crenotrichaceae]]
├─o embranchement des [[Fusobacteria]]
│ └─o classe des [[Fusobacteria]]
│ └─o ordre des [[Fusobacteriales]]
│ └─o famille des [[Fusobacteriaceae]]
├─o embranchement des [[Verrucomicrobia]]
│ └─o classe des [[Verrucomicrobiae]]
│ └─o ordre des [[Verrucomicrobiales]]
│ ├─o famille des [[Verrucomicrobiaceae]]
│ ├─o famille des [[Opitutaceae]]
│ ├─o famille des [[Victivallaceae]]
│ └─o famille des [[Xiphinematobacteriaceae]]
├─o embranchement des [[Dictyoglomi]]
│ └─o classe des [[Dictyoglomi]]
│ └─o ordre des [[Dictyoglomales]]
│ └─o famille des [[Dictyoglomaceae]]
└─o embranchement des [[Gemmatimonadetes]]
└─o classe des [[Gemmatimonadetes]]
└─o ordre des [[Gemmatimonadales]]
└─o famille des [[Gemmatimonadaceae]]
{{boîte déroulante fin}}
===Classification selon Cavalier-Smith===
Cette classification n'est pas strictement phylogénétique, l'auteur ayant la conviction qu'une classification, pour être utilisable et pédagogique, ne peut pas l'être entièrement. Elle maintient donc des grades évolutifs, dont seuls les plus récents sont « holophylétiques ». Les niveaux inférieurs de la classification, par contre, le sont tous, sauf à proximité de l'enracinement des « Neomura ».
{{boîte déroulante début|titre=Classification selon Cavalier-Smith 2002-2006}}
─o règne des [[Bacteria]] ''(probablement paraphylétique)''
├─o sous-règne des [[Negibacteria]] ''(probablement paraphylétique)''
│ ├─o infra-règne des [[Glidobacteria]] ''(probablement paraphylétique)''
│ │ ├─o super-division des [[Eobacteria]] ''(probablement paraphylétique)''
│ │ │ ├─o embranchement des [[Chlorobacteria]]
│ │ │ └─o embranchement des [[Hadobacteria]]
│ │ └─o super-division des [[Cyanobacteria]]
│ │ └─o embranchement des [[Cyanobacteria]]
│ │ ├─o sous-embranchement des [[Gloeobacteria]]
│ │ │ └─o classe des [[Gloeobacteria]]
│ │ │ └─o ordre des [[Gloeobacterales]]
│ │ └─o sous-embranchement des [[Phycobacteria]]
│ │ ├─o classe des [[Chroobacteria]]
│ │ │ ├─o ordre des [[Chroococcales]]
│ │ │ ├─o ordre des [[Pleurocapsales]]
│ │ │ └─o ordre des [[Oscillatoriales]]
│ │ └─o classe des [[Hormogonae]]
│ │ ├─o ordre des [[Nostocales]]
│ │ └─o ordre des [[Stigonematales]]
│ ├─o infra-règne des [[Eurybacteria]] ''(probablement paraphylétique)''
│ │ └─o embranchement des [[Eurybacteria]] ''(probablement paraphylétique)''
│ │ ├─o classe des [[Selenobacteria]] ''(probablement paraphylétique)''
│ │ │ ├─o ordre des [[Sporomusales]]
│ │ │ └─o ordre des [[Heliobacteriales]]
│ │ ├─o classe des [[Fusobacteria]]
│ │ └─o classe des [[Togobacteria]]
│ │ └─o ordre des [[Thermotogales]]
│ └─o infra-règne des [[Gracilicutes]]
│ ├─o embranchement des [[Spirochaetae]]
│ │ ├─o sous-embranchement des [[Euspirochaetae]]
│ │ └─o sous-embranchement des [[Leptospirae]]
│ ├─o embranchement des [[Sphingobacteria]]
│ │ ├─o classe des [[Chlorobea]]
│ │ └─o classe des [[Flavobacteria]]
│ └─o super-embranchement des [[Exoflagellata]]
│ ├─o embranchement des [[Proteobacteria]]
│ │ ├─?
│ │ │ ├─o sous-embranchement des [[Rhodobacteria]]
│ │ │ │ ├─o infra-embranchement des [[Alphabacteria]]
│ │ │ │ └─o infra-embranchement des [[Chromatibacteria]]
│ │ │ └─o sous-embranchement des [[Thiobacteria]]
│ │ │ ├─o classe des [[Deltabacteria]]
│ │ │ ├─o classe des [[Epsilobacteria]]
│ │ │ └─? ''[[Thermodesulfobacterium]]''
│ │ └─o sous-embranchement des [[Geobacteria]]
│ │ ├─o classe des [[Ferrobacteria]]
│ │ │ └─o ordre des [[Geovibriales]]
│ │ └─o classe des [[Acidobacteria]]
│ │ └─o ordre des [[Acidobacteriales]]
│ └─o embranchement des [[Planctobacteria]]
│ ├─o classe des [[Planctomycea]]
│ │ └─o ordre des [[Planctomycetales]]
│ └─o
│ ├─o classe des [[Chlamydiae]]
│ └─o classe des [[Verrucomicrobiae]]
└─o sous-règne des [[Unibacteria]] ''(probablement paraphylétique)''
├─o embranchement des [[Posibacteria]] ''(probablement paraphylétique)''
│ ├─o sous-embranchement des [[Endobacteria]]
│ │ ├─o ''[[Dictyoglomus]]''
│ │ ├─o classe des [[Teichobacteria]]
│ │ └─o classe des [[Mollicutes]]
│ └─o sous-embranchement des [[Actinobacteria]] ''(probablement paraphylétique)''
└─o embranchement des [[Archaebacteria]] [[Archaea (classification phylogénétique)#Classification selon Cavalier-Smith|►]]
{{boîte déroulante fin}}
===Arbre simplifié selon Gupta===
Cet arbre est l'inverse du précédent, la différence tenant essentiellement à l'emplacement de la racine : ici au sein des bactéries ''Gram +''. L'auteur a développé la phylogénie des α-protéobactéries et des actinobactéries.
{{boîte déroulante début|titre=Arbre phylogénétique selon Gupta 2006}}
─o
├─o '''[[Archaea]]''' [[Archaea (classification phylogénétique)|►]]
│ \
│ ├─o '''[[Eukaryota]]''' [[Eukaryota (classification phylogénétique)|►]]
│ /
└─o [[Bacteria]]
├─o [[Firmicutes]]
└─o
├─o [[Actinobacteria]]
│ ├─o [[Rubrobacterinae]]
│ └─o
│ ├─o [[Bifidobacterinae]]
│ └─o
│ ├─o [[Micrococcinae]]
│ └─o
│ ├─o [[Propionibacterinae]]
│ └─o
│ ├─o groupe CMN (= [[Corynebacterinae]])
│ └─o
│ ├─o [[Frankinae]]
│ └─o
│ ├─o [[Streptomycinae]]
│ └─o [[Streptosporanginae]]
└─o
├─o [[Thermotogae]]
└─o [[Didermata]]
├─o [[Deinococci]]
└─o
├─o [[Chloroflexi]]
└─o
├─o
│ ├─o [[Cyanobacteria]]
│ └─o '''[[chloroplaste]]s'''
└─o [[Gracilicutes]]
├─o [[Spirochaetes]]
└─o
├─o
│ ├─o [[Chlamydiae]] ou groupe PVC (= [[Planctobacteria]])
│ └─o groupe CFBG (= [[Sphingobacteria]])
└─o
├─o [[Aquificales]]
└─o [[Proteobacteria]]
├─o
│ ├─o [[Epsilonproteobacteria]]
│ └─o [[Deltaproteobacteria]]
└─o
├─o
│ ├─o [[Gammaproteobacteria]]
│ └─o [[Betaproteobacteria]]
└─o [[Alphaproteobacteria]]
├─o [[Rickettsiales]]
│ ├─o [[Anaplasmataceae]]
│ └─o [[Rickettsiaceae]]
└─o
├─o
│ ├─o [[Rhodospirillales]]
│ └─o [[Novosphingomonadales]]
└─o
├─o
│ ├─o [[Rhodobacterales]]
│ └─o [[Caulobacterales]]
└─o [[Rhizobiales]]
├─o
│ ├─o [[Bradyrhizobiaceae]]
│ └─o [[Methylobacteriaceae]]
└─o
├─o [[Bartonellaceae]]
└─o
├─o [[Rhizobiaceae]]
├─o [[Brucellaceae]]
└─o [[Phyllobacteriaceae]]
{{boîte déroulante fin}}
==En savoir plus==
===Sources bibliographiques de référence===
* Thomas Cavalier-Smith (2006) « [http://www.biology-direct.com/content/pdf/1745-6150-1-19.pdf Rooting the tree of life by transition analyses] », ''Biology Direct'', 1 (19)
* Radhey S. Gupta (2005) « [http://www.bacterialphylogeny.info/reprints/MicrobialPhylogenyandEvolution.book.PDF Molecular Sequences and the Early History of Life] », in J. Sapp (éd.), ''Microbial Phylogeny and Evolution: Concepts and Controversies'', New York, Oxford University Press, pp. 160-183
* Philip Hugenholtz et Erko Stackebrandt (2004) « [http://ijs.sgmjournals.org/cgi/reprint/54/6/2049.pdf Reclassification of ''Sphaerobacter thermophilus'' from the subclass ''Sphaerobacteridae'' in the phylum ''Actinobacteria'' to the class ''Thermomicrobia'' (emended description) in the phylum ''Chloroflexi'' (emended description)] », ''International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology'', 54, pp. 2049–2051
* Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader (2001, 2006³) ''Classification phylogénétique du vivant'', Belin, ISBN 2-7011-4273-3
* Radhey S. Gupta (1998) « [http://mmbr.asm.org/cgi/reprint/62/4/1435.pdf Protein Phylogenies and Signature Sequences: A Reappraisal of Evolutionary Relationships among Archaebacteria, Eubacteria, and Eukaryotes] », ''Microbiology and Molecular Biology Reviews'', 62 (4), pp. 1435–1491
===Autres sources bibliographiques===
===Sources internet===
* Kenneth Todar (2008) [http://www.bact.wisc.edu/themicrobialworld/origins.html The Origin, Evolution and Classification of Microbial Life]
* (2007) [http://www.bacterialphylogeny.info/ Bacterial / Prokaryotic Phylogeny]
* Radhey S. Gupta (2006) [http://www.bacterialphylogeny.info/reprints/McMasterSeminar2006.pdf Phylogeny of Bacteria- Is it a Tangled Web or Can this be Reliably Resolved?]
* (2008) [http://rdp.cme.msu.edu/ Ribosomal Database Project II, release 9.60]
* J.P. Euzéby (1998-2008) [http://www.bacterio.cict.fr/index.html List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]
* George M. Garrity, Timothy G. Lilburn, James R. Cole, Scott H. Harrison, Jean Euzéby et Brian J. Tindall (2007) [http://www.taxonomicoutline.org/ The Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea. Release 7.7]
* George M. Garrity, Julia A. Bell et Timothy G. Lilburn (mai 2004) [http://141.150.157.80/bergeysoutline/outline/bergeysoutline_5_2004.pdf Taxonomic Outline of the Prokaryotes, Release 5.0 - Bergey's Manuel of Systematic Bacteriology, Second Edition]
* [http://www.fmnh.helsinki.fi/users/haaramo/Eubacteria.htm Mikko's Phylogeny Archive]
* [http://taxonomicon.taxonomy.nl/TaxonTree.aspx?id=71320 The Taxonomicon]
* [http://www.palaeos.org/Eubacteria_phylogeny Palaeos.org]
* [http://starcentral.mbl.edu/microscope/portal.php?pagetitle=classification&BLOCKID=44&CHILDID=123&namebankID=229975 Micro*scope]
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Bacteria NCBI Taxonomy Browser]
* [http://tolweb.org/Eubacteria/2 The Tree of Life Web Project]
===Liens internes===
* [[Eubacteria]]
* [[Endosymbiose]]
* [[Arbre phylogénétique]]
* [[Classification phylogénétique de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader]]
{{Portail|Origine et évolution du vivant|microbiologie}}
[[Catégorie:Bactérie (classification phylogénétique)| ]]