HapMap 1090405 25832442 2008-02-06T15:38:24Z LPLT 181659 /* Références */ liens Le '''projet international HapMap''' est un projet dont le but est de développer une carte d'[[haplotype]] qui décrira les patrons communs de variations génétiques du génome humain. Le projet est une collaboration entre chercheurs académiques, organisations de recherche sans but lucratif et compagnies privées provenant du [[Canada]], de la [[République populaire de Chine|Chine]], du [[Japon]], du [[Nigéria]], du [[Royaume-Uni]] et les [[États-Unis]]. La carte HapMap est devenue une ressource fondamentale pour les chercheurs afin de découvrir des gènes impliqués dans le développement de maladies complexes ou modifiant la réponse [[Pharmacologie|pharmacologique]] à des médicaments. Toutes les données produites sont accessibles gratuitement à tous les chercheurs à travers le monde. Le projet international HapMap a débuté officiellement avec une conférence à [[Washington (District de Columbia)|Washington]] du 27 au 29 [[octobre]] [[2002]] et devait durer trois ans. Le projet comprend deux phases; les données et les analyses complètes de la phase I ont été publiées le [[27 octobre]] [[2005]]. La production des données de la phase II était complétée à ce moment, mais l'analyse n'était toujours pas terminée en [[octobre]] [[2006]]. ==Historique== Contrairement aux [[maladie rare|maladies rares]] (ou mendeliennes), différents [[gène]]s, combinaisons de [[gène]]s ainsi que l'[[environnement]] jouent un rôle dans le développement des maladies communes comme l'[[asthme]], le [[diabète sucré|diabète]], le [[cancer]], la [[Dépression (médecine)|dépression]] ou les [[Maladie cardio-vasculaire|maladies cardio-vasculaires]]) ou la réponse individuelle aux agents [[pharmacologie|pharmacologiques]]. Plusieurs études démontrent que ce sont des variants communs dans la [[séquence d'ADN|séquence]] [[génome|génomique]], soit des polymorphismes mononucléotidiques ou [[Single nucleotide polymorphism|SNP]]s dont l'allèle mineur est présent chez au moins 5% de la population, qui en sont responsables. Deux personnes non-reliées partagent plus de 99,9% de leur [[séquence d'ADN]]. À certaines positions dans la séquence cependant, la première personne aura un G (pour [[guanine]]) tandis que la seconde aura un A (pour [[adénine]]) à la place. Ces deux possibilités constituent les deux [[allèle]]s d'un [[Single nucleotide polymorphism|SNP]]. Chaque personne possèdent deux copies de chacun des [[chromosome]]s, excepté les [[Gonosome|chromosomes sexuels]]. Pour chaque [[Single nucleotide polymorphism|SNP]], la combinaison des [[allèle]]s qu'une personne possède est appelée un [[génotype]]. Le [[génotypage]] réfère à toute méthode permettant de détecter le [[génotype]] d'un échantillon à une position précise dans la [[séquence d'ADN|séquence de l'ADN]]. Un [[haplotype]] est une suite d'[[allèle]]s sur un [[chromosome]]. Les [[haplotype]]s sont brisés en plusieurs morceaux à chaque génération par un processus appelé [[recombinaison génétique]]. Cependant, il a été observé que les [[haplotype]]s dans une population donnée sont plus longs que ce qui était anticipé. La raison est que la [[recombinaison génétique|recombinaison]] se produit préférentiellement dans des régions spécifiques du [[génome]] créant des points chauds de [[recombinaison génétique|recombinaison]] (mesurant en moyenne 1000 à 2000 paires de bases) et des points froids de [[recombinaison génétique|recombinaison]] (mesurant plus de 10 000 paires de base en moyenne), mieux connus sous le nom de blocs d'[[haplotype]]s. Puisque les [[allèle]]s sont corrélées entre elles dans un bloc d'[[haplotype]], la connaissance de ces structures permettrait aux chercheurs de déduire un grand nombre d'[[allèle]]s sans avoir à génotyper tous les [[Single nucleotide polymorphism|SNP]]s. Le '''Projet International HapMap''' avait donc comme but de découvrir ces structures dans plusieurs populations. ==Échantillons== Les [[haplotype]]s sont généralement partagés entre les populations, mais leurs fréquences peuvent être très différentes. Quatre populations ont été choisies pour la Phase I du projet HapMap: 30 trios (composés d'un adulte et de ses deux parents) d'[[Ibadan]] au [[Nigéria]] (YRI), 30 trios de résidents de l'[[Utah]] ayant des origines du Nord-ouest de l'[[Europe]] (CEU), 44 individus non-reliés de [[Tokyo]] au [[Japon]] (JPT) et 45 individus [[Chinois Han|Han]] de [[Beijing]] en [[République populaire de Chine|Chine]] (CHB). Même si les haplotypes révélés de ces populations devraient être utiles pour étudier les [[haplotype]]s de plusieurs autres populations, le consortium HapMap examine actuellement la possibilité d'inclure d'autres populations dans le projet. Tous les échantillons du projet ont été prélevés après une consultation communautaire ainsi qu'un consentement éclairé. Le processus des consultations communautaires était un moyen de répondre aux interrogations culturelles spécifiques ainsi que de donner à ces communautés un mot à dire dans la présentation du consentement écrit et dans le processus de collection des échantillons. ==Stratégie utilisée== Lors de la Phase I, pour chaque fenêtre de 5000 paires de bases, au moins un [[Single nucleotide polymorphism|SNP]] ayant une fréquence de 5% ou plus a été génotypé pour chacune des populations. Au total plus d'un million de [[Single nucleotide polymorphism|SNP]]s polymorphiques ont été génotypés. Le processus de génotypage a été effectué dans 10 centres et utilisaient cinq technologies différentes. La qualité des résultats a été vérifiée à l'aide des relations filiales des trios et à l'aide d'échantillons dupliqués. Aussi plusieurs exercices de contrôle de la qualité ont été effectués lors du projet où chacun des centres devait génotyper un échantillon commun de [[Single nucleotide polymorphism|SNPs]]. L'équipe [[Canada|canadienne]] s'est concentré sur le chromosome 2 et le bras court du chromosome 4 (4p) et était dirigée par [[Thomas J. Hudson]] à l'[[Université McGill]] à [[Montréal]]. L'équipe [[République populaire de Chine|chinoise]] avait des centres situés à [[Pékin]], [[Shanghai]] et [[Hong Kong]] et était dirigée par [[Huanming Yang]]. Ces centres ont travaillé sur les chromosomes 3, 8p et 21. L'équipe [[japon]]aise était dirigée par [[Yusuke Nakamura]] à l'[[Université de Tokyo]] et s'est concentrée sur les chromosomes 5, 11, 14, 15, 16, 17 et 19. L'équipe [[Royaume-Uni|britannique]] dirigée par [[David R. Bentley]] à l'[[Institut Sanger]] a travaillé sur les chromosomes 1, 6, 10, 13 et 20. Finalement, il y avait quatre centres aux [[États-Unis]]: une équipe de la compagnie [[Illumina]] de [[San Diego]] et dirigée par [[Mark Chee]] et [[Arnold Oliphant]] (chromosomes 8q, 9, 18q, 22 et X), une équipe de l'Institut Broad à [[Boston]] dirigée par [[David Altshuler]] (chromosomes 4q, 7q, 18p, Y et [[mitochondrie]]), une équipe du [[Baylor College of Medicine]] à [[Houston]] dirigée par [[Richard A. Gibbs]] (chromosome 12) ainsi qu'une équipe dirigée par [[Pui-Yan Kwok]] de l'[[Université de Californie à San Francisco]] (chromosome 7p). Pour la phase II, grâce aux développements de technologies à plus grande échelle, plus de 2 millions de [[Single nucleotide polymorphism|SNP]]s additionnels ont été rajoutés sur tout le [[génome]] par la compagnie Perlegen et près de 500 000 par la compagnie [[Affymetrix]]. L'analyse des données du projet a été faite principalement par les équipes de [[David Altshuler]], [[Aravinda Chakravarti]], [[Peter Donnelly]], [[Gonçalo Abecassis]], [[Lincoln Stein]] et de [[Lon R. Cardon]]. La coordination de tout le projet a été assurée par [[Francis Collins]] qui avait joué un rôle similaire pour le [[projet génome humain]]. ==Accès aux données du projet== Toutes les données du projet incluant les fréquences des [[Single nucleotide polymorphism|SNP]]s, les [[génotype]]s et les [[haplotype]]s sont accessibles gratuitement à tous et sont disponibles à [http://www.hapmap.org/ http://www.hapmap.org] == Références == * Montpetit, Alexandre et Chagnon, Fanny. (2006) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed&cmd=Retrieve&dopt=AbstractPlus&list_uids=17156727 La Carte d’Haplotype du génome humain: Une révolution en génétique des maladies à hérédité complexe] ''[[Médecine/sciences|Med Sci (Paris)]]'' '''22'''(12):1061-1068. * Secko, David [http://www.the-scientist.com/news/20051026/01 Phase I of the HapMap Complete] ''[[The Scientist]]'' (October, 2005) * International HapMap Consortium. (2005) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=16255080 A haplotype map of the human genome.] ''[[nature (journal)|Nature]]'' '''437'''(7063):1299-1320. * International HapMap Consortium. (2004) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=15153999 Integrating ethics and science in the International HapMap Project.] ''[[Nat Rev Genet]]'' '''5'''(6):467-475. * International HapMap Consortium. (2003) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=14685227 The International HapMap Project.] ''[[Nature (journal)|Nature]]'' '''426'''(6968):789-796. [[Catégorie:Génétique]] [[de:International HapMap Project]] [[en:International HapMap Project]]