Mycota (classification phylogénétique) 868008 30063211 2008-05-27T21:19:09Z En rouge 17248 wikification {| width="100%" align="center" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="border: 1px solid #; background-color: #" |- | valign="top" width="70%" | ==Introduction== Cette page a pour objet de présenter un [[arbre phylogénétique]] des [[Mycota]], c’est-à-dire un arbre mettant en lumière les relations évolutives complexes (relations groupes ancestraux - groupes descendants) existantes entre les différents organismes vivants, ou [[taxon|taxa]], constituant ce groupe. Du fait de ses méthodes nouvelles basées sur la biologie moléculaire, la [[phylogénie]], science récente à l'origine de la [[classification phylogénétique]] du vivant, est en plein essor et parfois en contradiction avec l'ancienne [[classification classique]], majoritairement basée, elle, sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi, certains points particuliers font parfois encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici.<br/> Cet arbre présente aussi bien les organismes encore existants aujourd'hui que les groupes éteints (incluant les groupes fossiles). == Arbre phylogénétique == Le symbole '''▲''' renvoie à la partie de l'arbre phylogénétique de l'évolution immédiatement supérieure. Le signe '''►''' renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré. [[Eukaryota (classification phylogénétique)|▲]] └─o [[Fungi]] ou '''[[Mycota|MYCOTA]]''' │ ├─o '''[[Chytridiomycota]]''' [[Chytridiomycota (classification phylogénétique)|►]] └─o ├─o '''[[Chytridiomycota]]''' [[Chytridiomycota (classification phylogénétique)|►]] └─o ├─o '''[[Zygomycota]]''' [[Zygomycota (classification phylogénétique)|►]] │ │ │ └─o '''[[Microsporidia]]''' [[Microsporidia (classification phylogénétique)|►]] └─o ├─? │ ├─o [[Olpidiaceae]] │ └─o [[Basidiobolales]] │ ├─o '''[[Zygomycota]]''' [[Zygomycota (classification phylogénétique)|►]] └─o ├─o '''[[Glomeromycota]]''' [[Glomeromycota (classification phylogénétique)|►]] │ └─o [[Dikarya]] │ ├─o '''[[Basidiomycota|BASIDIOMYCOTA]]''' [[Basidiomycota (classification phylogénétique)|►]] │ └─o '''[[Ascomycota|ASCOMYCOTA]]''' [[Ascomycota (classification phylogénétique)|►]] | valign="top" width="3%" | | valign="top" width="25%" | [[Image:Flammulina velutipes IMG 1038.jpg|300px|right|thumb|''[[Flammulina velutipes]]'' ([[Basidiomycota]], [[Agaricales]], [[Marasmiaceae]]) ]] [[Image:Lichen foliacé2..JPG|300px|right|thumb|[[Lichen foliacé]] (''[[Evernia prunastri]]'', [[Ascomycota]], [[Lecanoromycetes]], [[Lecanorales]], [[Parmeliaceae]]) ]] |} ==Débat scientifique relatif à la phylogénie des Mycota== ===Classification selon Cavalier-Smith 1998=== Cette classification n'est pas à proprement parler phylogénétique. Basée sur les nouvelles phylogénies, elle maintient néanmoins des taxons paraphylétiques, notamment à la base des lignées évolutives, par commodité. Elle maintient également les niveaux traditionnels de classification (règnes, phyla, classes, etc.). On notera que ses « ''Entéromycètes'' » sont aujourd'hui considérés comme des [[Mesomycetozoa|Mésomycétozoaires]], plus proches des animaux que des champignons. {{boîte déroulante début|titre=Classification selon Cavalier-Smith 1998}} [[Eukaryota (classification phylogénétique)#Classification selon Cavalier-Smith 1998|▲]] └─o règne des [[Fungi]] ├─o sous-règne des [[Eomycota]] ''(paraphylétique)'' │ ├─o embranchement des [[Archemycota]] ''(paraphylétique)'' │ │ ├─o sous-embranchement des [[Dictyomycotina]] ''(paraphylétique)'' │ │ │ ├─o classe des [[Chytridiomycetes]] │ │ │ │ ├─o sous-classe des [[Rumpomycetidae]] │ │ │ │ │ ├─o ordre des [[Chytridiales]] │ │ │ │ │ └─o ordre des [[Monoblepharidales]] │ │ │ │ └─o sous-classe des [[Spizomycetidae]] │ │ │ │ ├─o ordre des [[Spizellomycetales]] │ │ │ │ └─o ordre des [[Neocallismatigales]] │ │ │ └─o classe des [[Enteromycetes]] │ │ │ ├─o ordre des [[Eccrinales]] │ │ │ └─o ordre des [[Amoebidiales]] │ │ └─o sous-embranchement des [[Melanomycotina]] │ │ ├─o infra-embranchement des [[Allomycotina]] │ │ │ └─o classe des [[Allomycetes]] │ │ │ ├─o ordre des [[Blastocladiales]] │ │ │ └─o ordre des [[Coelomomycetales]] │ │ │ └─o famille des [[Coelomomycetaceae]] │ │ └─o infra-embranchement des [[Zygomycotina]] ''(paraphylétique)'' │ │ ├─o super-classe des [[Eozygomycetia]] │ │ │ ├─o classe des [[Bolomycetes]] │ │ │ │ └─o ordre des [[Basidiobolales]] │ │ │ └─o classe des [[Glomomycetes]] ''(peut-être paraphylétique)'' │ │ │ ├─o [[Glomales]] │ │ │ └─o [[Endogonales]] │ │ └─o super-classe des [[Neozygomycetia]] │ │ ├─o classe des [[Zygomycetes]] │ │ │ ├─o sous-classe des [[Mucoromycetidae]] │ │ │ │ ├─o ordre des [[Mucorales]] │ │ │ │ └─o ordre des [[Mortierellales]] │ │ │ └─o sous-classe des [[Meromycetidae]] │ │ │ ├─o │ │ │ │ ├─o [[Dimargaritales]] │ │ │ │ └─o [[Kickxellales]] │ │ │ └─o │ │ │ ├─o [[Piptocephalaceae]] │ │ │ └─o [[Cuninghamellales]] │ │ └─o classe des [[Zoomycetes]] │ │ ├─o sous-classe des [[Entomycetidae]] │ │ │ ├─o ordre des [[Entomophorales]] │ │ │ └─o ordre des [[Zoopagales]] │ │ └─o sous-classe des [[Pedomycetidae]] │ │ ├─o super-ordre des [[Trichomycetalia]] │ │ │ ├─o ordre des [[Harpellales]] │ │ │ └─o ordre des [[Asellariales]] │ │ └─o super-ordre des [[Pyxomycetalia]] │ │ ├─o ordre des [[Laboulbeniales]] │ │ └─o ordre des [[Pyxidiophorales]] │ └─o embranchement des [[Microsporidia]] │ ├─o classe des [[Minisporea]] │ └─o classe des [[Microsporea]] │ ├─o sous-classe des [[Pleistophorea]] │ └─o sous-classe des [[Disporea]] └─o sous-règne des [[Neomycota]] ├─o embranchement des [[Ascomycota]] │ ├─o sous-embranchement des [[Hemiascomycotina]] ''(peut-être paraphylétique)'' │ │ ├─o classe des [[Taphrinomycetes]] │ │ ├─o classe des [[Geomycetes]] │ │ │ └─o ordre des [[Geosiphonales]] │ │ │ └─o famille des [[Geosiphonaceae]] │ │ └─o classe des [[Endomycetes]] │ │ ├─o sous-classe des [[Dipomycetidae]] │ │ └─o sous-classe des [[Saccharomycetidae]] │ └─o sous-embranchement des [[Euascomycotina]] │ ├─o classe des [[Discomycetes]] │ │ ├─o sous-classe des [[Calycomycetidae]] │ │ ├─o sous-classe des [[Lecomycetidae]] │ │ └─o sous-classe des [[Pezomycetidae]] │ ├─o classe des [[Pyrenomycetes]] │ │ ├─o sous-classe des [[Verrucomycetidae]] │ │ └─o sous-classe des [[Ostiomycetidae]] │ ├─o classe des [[Loculomycetes]] │ │ ├─o sous-classe des [[Dendromycetidae]] │ │ └─o sous-classe des [[Loculoascomycetidae]] │ └─o classe des [[Plectomycetes]] └─o embranchement des [[Basidiomycota]] ├─o sous-embranchement des [[Septomycotina]] ''(peut-être paraphylétique)'' │ └─o classe des [[Septomycetes]] │ ├─o sous-classe des [[Sporidiomycetidae]] │ │ ├─o [[Erythrobasidiales]] │ │ └─o [[Sporidiales]] │ └─o sous-classe des [[Uredomycetidae]] │ ├─o [[Uredinales]] │ └─o [[Septobasidiales]] └─o sous-embranchement des [[Orthomycotina]] ├─o super-classe des [[Hemibasidiomycetia]] │ └─o classe des [[Ustomycetes]] │ ├─o ordre des [[Ustilaginales]] │ └─o ordre des [[Tilletiales]] └─o super-classe des [[Hymenomycetia]] ├─o classe des [[Gelimycetes]] ''(paraphylétique)'' │ ├─o sous-classe des [[Tremellomycetidae]] │ ├─o sous-classe des [[Dacrymycetidae]] │ └─o sous-classe des [[Auromycetidae]] └─o classe des [[Homobasidiomycetes]] ├─o sous-classe des [[Clavomycetidae]] └─o sous-classe des [[Pileomycetidae]] {{boîte déroulante fin}} ===Classification proposée par Adl ''et al.'' 2005=== Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens [[Protistes]] et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Champignons. {{boîte déroulante début|titre=Classification proposée par Adl ''et al.'' 2005}} [[Eukaryota (classification phylogénétique)#Classification proposée par Adl et al. 2005|▲]] └─o [[Fungi]] ├─o [[Basidiomycota]] ├─o [[Urediniomycetes]] ├─o [[Ustilaginomycetes]] ├─o [[Ascomycota]] │ ├─o ''[[Neolecta]]'' │ ├─o [[Taphrinomycotina]] │ │ ├─o ''[[Pneumocystis]]'' │ │ ├─o [[Schizosaccharomycetes]] │ │ └─o [[Taphrinomycetes]] │ ├─o [[Saccharomycetes]] │ └─o [[Pezizomycotina]] │ ├─o [[Arthoniomycetes]] │ ├─o [[Dothideomycetes]] │ ├─o [[Chaetothyriomycetes]] │ ├─o [[Eurotiomycetes]] │ ├─o [[Pezizomycetes]] │ ├─o [[Laboulbeniomycetes]] │ ├─o [[Lecanoromycetes]] │ ├─o [[Leotiomycetes]] │ ├─o [[Lichinomycetes]] │ ├─o [[Orbiliomycetes]] │ └─o [[Sordariomycetes]] ├─o [[Microsporidia]] ├─o [[Glomeromycota]] ├─o [[Zygomycota]] │ ├─o [[Dimargaritales]] │ ├─o [[Harpellales]] │ ├─o [[Kickxellales]] │ ├─o [[Zoopagales]] │ ├─o ''[[Basidiobolus]]'' │ ├─o [[Mucorales]] ''(peut-être paraphylétique)'' │ ├─o [[Endogonales]] │ └─o [[Entomophthorales]] └─o [[Chytridiomycetes]] ├─o [[Blastocladiales]] │ ├─o [[Blastocladiaceae]] │ ├─o [[Catenariaceae]] │ ├─o [[Coelomomycetaceae]] │ ├─o [[Physodermataceae]] │ └─o ''[[Sorochytrium]]'' ├─o [[Monoblepharidales]] │ ├─o [[Gonapodyaceae]] │ ├─o [[Monoblepharidaceae]] │ └─o [[Oedogoniomycetaceae]] ├─o [[Spizellomycetales]] │ ├─o [[Spizellomycetaceae]] │ └─o [[Olpidiaceae]] ├─o [[Neocallimastigaceae]] └─o [[Chytridiales]] ''(paraphylétique)'' {{boîte déroulante fin}} ==En savoir plus== ===Sources bibliographiques de référence=== * D. S. Hibbett, M. Binder, J. F. Bischoff, M. Blackwell, P. F. Cannon, O. E. Eriksson, S. Huhndorf, T. James, P. M. Kirk, R. Lucking, H. T. Lumbsch, F. Lutzoni, P. B. Matheny, D. J. McLaughlin, M. J. Powell, S. Redhead, C. L. Schoch, J. W. Spatafora, J. A. Stalpers, R. Vilgalys, M. C. Aime, A. Aptroot, R. Bauer, D. Begerow, G. L. Benny, L. A. Castlebury, P. W. Crous, Y.-C. Dai, W. Gams, D. M. Geiser, G. W. Griffith, C. Gueidan, D. L. Hawksworth, G. Hestmark, K. Hosaka, R. A. Humber, K. D. Hyde, J. E. Ironside, U. Koljalg, C. P. Kurtzman, K.-H. Larsson, R. Lichtwardt, J. Longcore, J. Miadlikowska, A. Miller, J.-M. Moncalvo, S. Mozley-Standridge, F. Oberwinkler, E. Parmasto, V. Reeb, J. D. Rogers, C. Roux, L. Ryvarden, J. P. Sampaio, A. Schüßler, J. Sugiyama, R. G. Thorn, L. Tibell, W. A. Untereiner, C. Walker, Z. Wang, A. Weir, M. Weiss, M. M. White, K. Winka, Y.-J. Yao et N. Zhang (2007) « [http://www.clarku.edu/faculty/dhibbett/AFTOL/documents/AFTOL%20class%20mss%2023,%2024/AFTOL%20CLASS%20MS%20resub2.pdf A higher-level phylogenetic classification of the Fungi] », ''Mycol. Res.'' 111, pp. 509-547 * Sina M. Adl ''et alii'' (2005) « [http://www.blackwell-synergy.com/doi/pdf/10.1111/j.1550-7408.2005.00053.x The New Higher Level Classification of Eukaryotes] », ''J. Eukaryot. Microbiol.'', 52 (5), p. 399–451 * François Lutzoni, Frank Kauff, Cymon J. Cox, David McLaughlin, Gail Celio, Bryn Dentinger, Mahajabeen Padamsee, David Hibbett, Timothy Y. James, Elisabeth Baloch, Martin Grube, Valérie Reeb, Valérie Hofstetter, Conrad Schoch, A. Elizabeth Arnold, Jolanta Miadlikowska, Joseph Spatafora, Désirée Johnson, Sarah Hambleton, Michael Crockett, Robert Shoemaker, Gi-Ho Sung, Robert Lücking, Thorsten Lumbsch, Kerry O’Donnell, Manfred Binder, Paul Diederich, Damien Ertz, Cécile Gueidan, Karen Hansen, Richard C. Harris, Kentaro Hosaka, Young-Woon Lim, Brandon Matheny, Hiromi Nishida, Don Pfister, Jack Rogers, Amy Rossman, Imke Schmitt, Harrie Sipman, Jeffrey Stone, Junta Sugiyama, Rebecca Yahr et Rytas Vilgalys (2004) « [http://www.lutzonilab.net/publications/lutzoni_file179.pdf Assembling the fungal tree of life: progress, classification, and evolution of subcellular traits], ''American Journal of Botany'' 91 (10), pp. 1446–1480 * Thomas Cavalier-Smith (1998) « A revised six-kingdom system of life », ''Biological reviews'' 73, p. 203-266 ===Autres sources bibliographiques=== ===Sources internet=== ===Liens internes=== * [[Mycota]] -- [[Champignon]] -- [[Lichen]] * [[Eukaryota (classification phylogénétique)]] * [[Arbre phylogénétique]] * [[Photo-guide taxinomique du monde végétal]] * [[Répertoire général des ressources en mycologie]] * [[Classification systématique des champignons]] {{Portail|Origine et évolution du vivant|botanique}} [[Catégorie:Mycota| ]]