Nomenclature bactérienne 1061831 24965401 2008-01-13T17:11:15Z TED 44258 a redirigé [[Nomenclature (bactériologie)]] vers [[Nomenclature bactérienne]]: parenthèses inutiles La '''nomenclature bactérienne''' est la discipline qui établit les règles d'un langage international permettant de désigner par un même nom, des [[bactérie]]s identiques dans n’importe quelle région du monde. Comme dans les autres disciplines des [[biologie|sciences du vivant]] (botanique, zoologie…), la [[Nomenclature (biologie)|nomenclature]] des [[bactérie]]s est [[Nom binomial|binomiale]]. Elle est réglementée par le ''Code International de la Nomenclature Bactérienne''<ref> SP Lapage, P.H. Sneath, V.B.D. Skerman, E.F. Lessel, H.P.R. Seeliger, W.A. Clark. ''International Code of Nomenclature of Bacteria, 1990 Revision''. (''Bacteriological Code''). ASM Press, Washington, D.C. 1992, ISBN 155581039X</ref> ([http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=icnb.TOC&depth= version anglaise accessible en ligne]), et dont la revue officielle est l' ''International Journal for Systematic Bacteriology''. == Nécessité des noms scientifiques == L'usage du [[nom binomial]] correct permet de désigner un [[taxon]] sans être obligé de décrire tous ses caractères, et à tous les spécialistes d'une même discipline de se comprendre sans ambiguïté. Par exemple, le simple fait de rapporter une [[Cellule souche|souche]] bactérienne à la [[famille (biologie)|famille]] des ''Enterobacteriaceae'' indiquera à tout [[bactériologiste]] que cette souche réunit des bactéries à [[Gram négatif]], en majorité non [[spore|sporulées]], [[aérobie|aéro-anaérobie]]s, etc.. En bactériologie médicale, il est indispensable que l'ensemble des spécialistes concernés ([[épidémiologiste]]s, chercheurs, cliniciens, fabricants de [[vaccin]]s, etc.) utilisent une nomenclature commune pour pouvoir collaborer efficacement. De plus, chaque langue nationale utilise de nombreux synonymes [[Langue vernaculaire|vernaculaire]]s (non officiels) pour désigner une [[espèce (biologie)|espèce]] bactérienne. Si certains noms conservent une valeur historique (« [[bacille de Koch]] » pour ''Mycobacterium tuberculosis'', par exemple), d'autres sont source de confusions. Ainsi, le « vibrion septique » évoque le genre ''Vibrio'', alors qu’il appartient aux ''Clostridium''. Enfin, de tels noms n'étant compris que par certains francophones seulement, il est nécessaire de recourir aux noms scientifiques internationaux. == Règles de priorité == Les règles de priorité sont les mêmes que pour les autres disciplines : lorsque deux espèces bactériennes sont regroupées dans un même genre, ou deux genres dans une même famille, selon de nouveaux critères, la règle d’antériorité de publication des noms de taxons prévaut pour désigner ce genre ou cette famille. Depuis le 1{{er}} Janvier 1980, la priorité est établie par la ''Approved Lists of Bacterial Names''<ref> V.B.D. Skerman, V. McGowan and P.H.A. Sneath — ''Approved Lists of Bacterial Names'', Int. J. Syst. Bacteriol.,1980, 30, 225-420.</ref>, régulièrement mise à jour dans ''International Journal of Systematic and Evolutionnary Microbiology (IJSEM)''. Elle est accessible en ligne sur le site de Jean Euzéby sur la [http://www.bacterio.cict.fr/bacdico/systematique/nomenclature.html nomenclature bactérienne], régulièrement mis à jour. == Rangs taxinomiques et abréviations == Comme en botanique ou en mycologie : * le rang de [[Sous-espèce#Sous-espèce|sous-espèce]] est admis et noté '''subsp.''' (''subspecies'') suivi du nom latin en italiques (ou souligné). * l’appartenance d’une ''souche isolée'' à un [[genre (biologie)|genre]], sans précision de l’[[espèce (biologie)|espèce]], est notée du nom du genre suivi de '''sp.''' (species) tant que l'isolat n’est pas identifié à une espèce. * Pour désigner toutes les espèces d’un genre, on fait suivre le nom du genre de '''spp.''' Voir aussi la page [[Rang (bactérien)| Taxinomie (bactériologie)]] == Mentions sans valeur nomenclaturale == Par contre, la subdivision d'espèces ou de sous-espèces en ''Biovars'' (ou biotypes), ''Sérovars'' ([[Sérogroupage|sérotypes]]), ''Lysovars'' (lysotypes) et en ''Pathovars'' (ou pathotypes), généralement écrit avec une majuscule initiale, ne constituent pas des noms scientifiques mais des références pratiques ou des critères [[pathologie|pathologiques]], [[géographie|géographiques]], etc. Ainsi, « ''Pasteurella multocida'' subsp ''multocida'' sérotype D toxinogène » signifiera que la souche identifiée (associée à la [[rhinite]] atrophique du porcelet) appartient : * au genre ''Pasteurella'' (selon des critères [[Morphologie (biologie)|morphologiques]], tests, etc..) * à l’espèce ''multocida'' (selon des critères [[biochimie|biochimiques]], biotypie etc.) * à la sous-espèce ''multocida'' (mêmes critères) * au sérogroupe capsulaire D (mise en évidence par [[Sérogroupage|sérotypie]]) * qu'il produit une dermo-nécro-toxine (mise en évidence par pathotypie). == Conditions de validité des taxons == Pour que la description princeps soit valide, l'espèce bactérienne doit être : * isolée et cultivée (sauf quelques exceptions) * bien caractérisée sur le plan phénotypique * identifiée par la culture d'une ''souche type'', les autres souches présentant une grande similarité de [[génome]] (démontrée par des courbes de dénaturation-renaturation de leur [[Acide désoxyribonucléique|ADN]] avec celui de la souche type) * son [[phénotype]] doit présenter au moins une différence avec une espèce déjà décrite * son [[Nom_binominal|binôme]] doit respecter la syntaxe latine et avoir été approuvé par le comité homologué par l'''International Code of Nomenclature of Bacteria'' (sauf si la publication est faite dans l'IJSEM) * Des sous-espèces peuvent être décrites si le pourcentage de similarité de génome est à limite ou si le phénotype est très différent. * Chaque genre bactérien doit également être identifié à une souche type du genre. == Conditions de publication == * Pour être valide et officiel, le nom d'une nouvelle espèce doit être publié dans un journal, sous forme d'un article décrivant l'espèce. * Pour être légitime, la description doit être complète et respecter les règles établies. * L'espèce ne doit pas avoir été déjà décrite. == [[Citation d'auteurs (bactérien)|Citation d'auteurs]] == Voir la page : [[Citation d'auteurs (bactérien)|La Citation d'auteurs en bactériologie]] == Voir aussi == * [[Nomenclature (biologie)]] * [[Nomenclature (botanique)]] * [[Nomenclature (zoologie)]] * [[Taxinomie]] * [[nom binomial]] * [[Systématique]] * [[Code international de nomenclature botanique]] * [[Code international de nomenclature zoologique]] * [[Classification des virus]] == Notes et Références == <references /> Euzéby, J.P. — ''Corrigenda to the Approved Lists of Bacterial Names and to the amended edition of the Approved Lists of Bacterial Names''. Int. J. Syst. Bacteriol., 1997, 47, 1271-1272. Euzéby, J.P. & Tinall, B.J. — ''Necessary corrections to the Approved Lists of Bacterial Names according to Rule 40d (formerly Rule 46). Request for an Opinion.'' Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 2321-2322. Skerman, P.H.A. — Preface. In: V.B.D. Skerman, V. McGowan and P.H.A. Sneath, Approved Lists of Bacterial Names. Amended edition. American Society for Microbiology, Washington, 1989. Sneath, P.H.A. & Brenner, D.J. — ''"Official" nomenclature lists''. ASM News, 1992, 58, 175. Mayo, M.A. & Horzinek, M. — ''International Code of Virus Classification and Nomenclature'' (1998, revised version) == Liens externes == *[[http://www.bacterio.cict.fr/bacdico/systematique/nomenclature.html Site de Jean Euzéby sur la nomenclature bactérienne]{{fr}} {{en}} * [http://www.bacterio.cict.fr/sbsv/sbsv.html Société de Bactériologie Systématique et Vétérinaire] {{fr}} * [http://www.the-icsp.org/misc/Code_history.htm Histoire de l'ICNB] {{en}} * [http://www.bacterio.cict.fr/Tindall.html Les erreurs d'interpretation du Code] {{en}} * [http://www.bacterio.cict.fr/alintro.html Liste de noms bactériens] {{en}} * [http://www.bacterio.cict.fr/ List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature] {{en}} *[http://bioinfo.unice.fr/biodiv/Naming_bacterial_species.html Naming bacterial species] {{en}} et sa [http://bioinfo.unice.fr/biodiv/Le_nommage_des_espece_bacteriennes.html traduction française, sur le site de l'Université de Nice] {{fr}} *[http://www.ulg.ac.be/fmv/bacterio3c02.doc. Fichier pdf, Université de Liège] {{fr}} *[http://www.iczn.org/iczn/index.jsp Code International de Nomenclature Zoologique (4e edition] {{en}} {{Portail microbiologie}} [[Catégorie:Nomenclature scientifique]] [[Catégorie:Microbiologie|*]] [[Catégorie:Bactériologie]] [[de:International Code of Nomenclature of Bacteria (Bacteriological Code)]] [[en:International Code of Nomenclature of Bacteria]] [[es:Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias]] [[ja:国際細菌命名規約]] [[pt:Código Internacional de Nomenclatura de Bactérias]]