Rhodophyta (classification phylogénétique) 870451 29792716 2008-05-20T22:40:23Z En rouge 17248 wikification {| width="100%" align="center" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="border: 1px solid #; background-color: #" |- | valign="top" width="70%" | == Introduction == Cette page a pour objet de présenter un [[arbre phylogénétique]] des [[Rhodophyta]] (ou [[algues rouges]]), c’est-à-dire un arbre mettant en lumière les relations évolutives complexes (relations groupes ancestraux - groupes descendants) existantes entre les différents organismes vivants, ou [[taxon|taxa]], constituant ce groupe. Du fait de ses méthodes nouvelles basées sur la biologie moléculaire, la [[phylogénie]], science récente à l'origine de la [[classification phylogénétique]] du vivant, est en plein essor et parfois en contradiction avec l'ancienne [[classification classique]], majoritairement basée, elle, sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi, certains points particuliers font parfois encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici. Cet arbre présente aussi bien les organismes encore existants aujourd'hui que les groupes éteints (incluant les groupes fossiles). == Arbre phylogénétique == L'arbre ci-dessous (résumé et développé) suit le « ''Tree of Life Web Project'' »<ref>{{en}} Freshwater, D. Wilson (2000) Florideophyceae. Version 24 March 2000 [http://tolweb.org/Florideophyceae/21781/2000.03.24 http://tolweb.org/Florideophyceae/21781/2000.03.24] ''in'' [http://tolweb.org/ The Tree of Life Web Project]</ref> pour les Floridéophycées, modifié et augmenté selon les classifications proposées par Saunders et Hommersand, 2004, et Yoon, 2003 et 2006, et les phylogénies sur lesquelles ils s'appuient, pour les niveaux supérieurs à la famille (voir plus bas dans cette page). Dans l'arbre développé, les familles sont, sauf exception, simplement listées et non pas encore classées phylogénétiquement, là où il y en a plus de deux dans le même ordre. === Arbre résumé === [[Archaeplastida (classification phylogénétique)|▲]] └─o [[Rhodophyta]] ├─o [[Cyanidiophytina]] ou [[Cyanidiales]] └─o [[Rhodophytina]] ├─o [[Porphyridiophyceae]] ou [[Porphyridiales]] ├─o [[Stylonematophyceae]] ou [[Stylonematales]] ├─o [[Compsogonophyceae]] │ ├─o [[Compsopogonales]] │ └─o │ ├─o [[Rhodochaetales]] │ └─o [[Erythropeltidales]] └─o ├─o [[Rhodellophyceae]] ou [[Rhodellales]] └─o [[Eurhodophytina]] ├─o [[Bangiophyceae]] ou [[Bangiales]] └─o [[Florideophyceae]] ├─o [[Hildenbrandiophycidae]] ou [[Hildenbrandiales]] └─o ├─o [[Nemaliophycidae]] │ ├─? [[Balbianiales]] │ ├─? [[Balliales]] │ ├─? [[Thoreales]] │ ├─? [[Colaconematales]] │ ├─o │ │ ├─o [[Rhodogorgonales]] │ │ └─o [[Corallinales]] │ └─o │ ├─o [[Acrochaetiales]] │ ├─o [[Batrachospermales]] │ ├─o [[Nemaliales]] │ └─o [[Palmariales]] └─o ├─o [[Ahnfeltiophycidae]] │ ├─o [[Ahnfeltiales]] │ └─o [[Pihiellales]] └─o [[Rhodymeniophycidae]] ├─o [[Bonnemaisoniales]] ├─o [[Ceramiales]] ├─o [[Gelidiales]] ├─o [[Nematostomatales]] ├─o [[Rhodymeniales]] ├─o [[Gracilariales]] ├─o [[Halymeniales]] ├─o [[Plocamiales]] └─o [[Gigartinales]] === Arbre développé === [[Archaeplastida (classification phylogénétique)|▲]] └─o [[Rhodophyta]] ├─? [[Moniliporellaceae]] (éteint) ├─o [[Cyanidiales]] │ ├─o [[Cyanidiaceae]] │ └─o [[Galdieriaceae]] └─o [[Rhodophytina]] ├─o [[Porphyridiales]] ├─o [[Stylonematales]] ├─o [[Compsogonophyceae]] │ ├─o [[Compsopogonales]] │ │ ├─o [[Compsopogonaceae]] │ │ └─o [[Boldiaceae]] │ └─o │ ├─o [[Erythropeltidales]] ou [[Erythrotrichiaceae]] │ └─o [[Rhodochaetales]] └─o ├─o [[Rhodellales]] └─o [[Eurhodophytina]] ├─o [[Bangiales]] └─o [[Florideophyceae]] ├─o [[Hildenbrandiales]] └─o ├─o [[Nemaliophycidae]] │ ├─? [[Balbianiales]] │ ├─? [[Balliales]] │ ├─? [[Thoreales]] │ ├─? [[Colaconematales]] │ ├─o │ │ ├─o [[Rhodogorgonales]] │ │ └─o [[Corallinales]] │ │ ├─o [[Corallinaceae]] │ │ └─o [[Sporolithaceae]] │ └─o │ ├─o [[Acrochaetiales]] │ ├─o [[Batrachospermales]] │ │ ├─o [[Batrachospermaceae]] │ │ ├─o [[Lemaneaceae]] │ │ └─o [[Psilosiphonaceae]] │ ├─o [[Nemaliales]] │ │ ├─o [[Galaxauraceae]] │ │ └─o [[Liagoraceae]] │ └─o [[Palmariales]] │ ├─o [[Rhodothamniellaceae]] │ └─o │ ├─o [[Rhodophysemataceae]] │ └─o [[Palmariaceae]] └─o ├─o [[Ahnfeltiophycidae]] │ ├─o [[Ahnfeltiales]] │ └─o [[Pihiellales]] └─o [[Rhodymeniophycidae]] ├─o [[Bonnemaisoniales]] │ ├─o [[Bonnemaisoniaceae]] │ └─o [[Naccariaceae]] ├─o [[Ceramiales]] │ ├─o [[Ceramiaceae]] │ └─o │ ├─o [[Dasyaceae]] │ ├─o [[Delesseriaceae]] │ └─o [[Rhodomelaceae]] │ ├─o [[Bostrychioideae]] │ ├─o [[Rhodomeloideae]] │ └─o [[Polysiphonioideae]] ├─o [[Gelidiales]] │ ├─o [[Gelidiaceae]] │ └─o [[Gelidiellaceae]] ├─o [[Nematostomatales]] │ ├─o [[Nematostomataceae]] │ └─o [[Schizymeniaceae]] ├─o [[Rhodymeniales]] │ ├─o [[Champiaceae]] │ ├─o [[Faucheaceae]] │ ├─o [[Lomentariaceae]] │ └─o [[Rhodymeniaceae]] ├─o [[Gracilariales]] │ ├─o [[Gracilariaceae]] │ └─o [[Pterocladiophilaceae]] ├─o [[Halymeniales]] │ ├─o [[Halymeniaceae]] │ ├─o [[Sebdeniaceae]] │ └─o [[Tsengiaceae]] ├─o [[Plocamiales]] │ ├─o [[Plocamiaceae]] │ ├─o [[Pseudoanemoniaceae]] │ └─o [[Sarcodiaceae]] └─o [[Gigartinales]] ├─o [[Acrosymphytaceae]] ├─o [[Acrotylaceae]] ├─o [[Areschougiaceae]] ├─o [[Blinksiaceae]] ├─o [[Calosiphoniaceae]] ├─o [[Caulacanthaceae]] ├─o [[Corynocystaceae]] ├─o [[Cruoriaceae]] ├─o [[Cubiculosporaceae]] ├─o [[Cystocloniaceae]] ├─o [[Dicranemataceae]] ├─o [[Dumontiaceae]] ├─o [[Endocladiaceae]] ├─o [[Furcellariaceae]] ├─o [[Gainiaceae]] ├─o [[Gigartinaceae]] ├─o [[Gloiosiphoniaceae]] ├─o [[Haemeschariaceae]] ├─o [[Kallymeniaceae]] ├─o [[Mychodeaceae]] ├─o [[Mychodeophyllaceae]] ├─o [[Nizymeniaceae]] ├─o [[Petrocelidaceae]] ├─o [[Peyssonneliaceae]] ├─o [[Phacelocarpaceae]] ├─o [[Phyllophoraceae]] ├─o [[Polyideaceae]] ├─o [[Rhizophyllidaceae]] ├─o [[Rissoellaceae]] ├─o [[Schmitziellaceae]] ├─o [[Solieriaceae]] ├─o [[Sphaerococcaceae]] └─o [[Tichocarpaceae]] | valign="top" width="3%" | | valign="top" width="25%" | [[Image:Laurencia.jpg|300px|right|thumb|''[[Laurencia]] [[sp.]]'' ([[Florideophyceae]], [[Ceramiales]], [[Rhodomelaceae]])]] [[Image:Koeh-034.jpg|300px|right|thumb|''[[Chondrus crispus]]'' (A-D) et ''[[Gigartina mamillosa]]'' (E-F) ([[Florideophyceae]], [[Gigartinales]], [[Gigartinaceae]])]] |} == Débat scientifique relatif à la phylogénie des Rhodophyta == === Éclatement des anciennes Bangiophycées === Au fil des analyses moléculaires, l'ancien taxon des '''''Bangiophycées''''', qui comprenait toutes les Rhodophytes autres que les Floridéophycées, a montré son caractère totalement paraphylétique. La position relative, à la base des Rhodophytines ''sensu'' Yoon, des clades des Compsopogonophycées, des Porphyridiales, des Stylonématales, voire des Rhodellales, n'est pas encore claire. === Classification et arbre phylogénétique selon Saunders et Hommersand, 2004 === En passant en revue les données phylogénétiques publiées auparavant, Saunders et Hommersand (2004)<ref>{{en}} Saunders, Gary W., Hommersand, Max H. (2004) [http://www.amjbot.org/cgi/content/full/91/10/1494#SEC5 Assessing red algal supraordinal diversity and taxonomy in the context of contemporary systematic data. ''Am. J. Bot.'' 91: 1494-1507]</ref> proposent de redéfinir les relations entre les taxons, en se concentrant sur les taxons de niveaux supérieurs à l'[[ordre (biologie)|ordre]]. {{boîte déroulante début|titre=Classification et arbre phylogénétique selon Saunders et Hommersand, 2004}} └─o sous-règne [[Rhodoplantae]] ├─o embranchement [[Cyanidiophyta]] │ └─o classe [[Cyanidiophyceae]] └─o embranchement [[Rhodophyta]] ├─o sous-embranchement [[Rhodellophytina]] ''(vraisemblablement paraphylétique)'' │ └─o classe [[Rhodellophyceae]] │ ├─o ordre "[[Porphyridiales 1]]" (''[[Rhodella]]'') │ ├─o ordre [[Stylonematales]] │ │ └─o famille [[Stylonemataceae]] │ └─o ordre [[Porphyridiales]] ├─o sous-embranchement [[Metarhodophytina]] │ └─o classe [[Compsopogonophyceae]] │ ├─o ordre [[Compsopogonales]] │ │ ├─o famille [[Boldiaceae]] │ │ └─o famille [[Compsopogonaceae]] │ └─o │ ├─o ordre [[Erythropeltidales]] │ │ └─o famille [[Erythrotrichiaceae]] │ └─o ordre [[Rhodochaetales]] │ └─o famille [[Rhodochaetaceae]] └─o sous-embranchement [[Eurhodophytina]] ├─o classe [[Bangiophyceae]] │ └─o ordre [[Bangiales]] └─o classe [[Florideophyceae]] ├─o sous-classe [[Hildenbrandiophycidae]] │ └─o ordre [[Hildenbrandiales]] └─o ├─o sous-classe [[Nemaliophycidae]] │ ├─o ordre [[Acrochaetiales]] │ ├─o ordre [[Balbianiales]] │ ├─o ordre [[Balliales]] │ ├─o ordre [[Batrachospermales]] │ │ ├─o famille [[Batrachospermaceae]] │ │ ├─o famille [[Lemaneaceae]] │ │ └─o famille [[Psilosiphonaceae]] │ ├─o ordre [[Colaconematales]] │ ├─o ordre [[Corallinales]] │ │ ├─o famille [[Corallinaceae]] │ │ └─o famille [[Sporolithaceae]] │ ├─o ordre [[Nemaliales]] │ │ ├─o famille [[Galaxauraceae]] │ │ └─o famille [[Liagoraceae]] │ ├─o ordre [[Palmariales]] │ │ ├─o famille [[Palmariaceae]] │ │ ├─o famille [[Rhodophysemataceae]] │ │ └─o famille [[Rhodothamniellaceae]] │ ├─o ordre [[Rhodogorgonales]] │ └─o ordre [[Thoreales]] └─o ├─o sous-classe [[Ahnfeltiophycidae]] │ ├─o ordre [[Ahnfeltiales]] │ └─o ordre [[Pihiellales]] └─o sous-classe [[Rhodymeniophycidae]] ├─o ordre [[Bonnemaisoniales]] │ ├─o famille [[Bonnemaisoniaceae]] │ └─o famille [[Naccariaceae]] ├─o ordre [[Ceramiales]] │ ├─o famille [[Ceramiaceae]] │ ├─o famille [[Dasyaceae]] │ ├─o famille [[Delesseriaceae]] │ └─o famille [[Rhodomelaceae]] ├─o ordre [[Gelidiales]] ├─o ordre [[Gigartinales]] │ ├─o famille [[Acrosymphytaceae]] │ ├─o famille [[Acrotylaceae]] │ ├─o famille [[Areschougiaceae]] │ ├─o famille [[Blinksiaceae]] │ ├─o famille [[Calosiphoniaceae]] │ ├─o famille [[Caulacanthaceae]] │ ├─o famille [[Corynocystaceae]] │ ├─o famille [[Cruoriaceae]] │ ├─o famille [[Cubiculosporaceae]] │ ├─o famille [[Cystocloniaceae]] │ ├─o famille [[Dicranemataceae]] │ ├─o famille [[Dumontiaceae]] │ ├─o famille [[Endocladiaceae]] │ ├─o famille [[Furcellariaceae]] │ ├─o famille [[Gainiaceae]] │ ├─o famille [[Gigartinaceae]] │ ├─o famille [[Gloiosiphoniaceae]] │ ├─o famille [[Haemeschariaceae]] │ ├─o famille [[Kallymeniaceae]] │ ├─o famille [[Mychodeaceae]] │ ├─o famille [[Mychodeophyllaceae]] │ ├─o famille [[Nizymeniaceae]] │ ├─o famille [[Petrocelidaceae]] │ ├─o famille [[Peyssonneliaceae]] │ ├─o famille [[Phacelocarpaceae]] │ ├─o famille [[Phyllophoraceae]] │ ├─o famille [[Polyideaceae]] │ ├─o famille [[Rhizophyllidaceae]] │ ├─o famille [[Rissoellaceae]] │ ├─o famille [[Schmitziellaceae]] │ ├─o famille [[Solieriaceae]] │ ├─o famille [[Sphaerococcaceae]] │ └─o famille [[Tichocarpaceae]] ├─o ordre [[Gracilariales]] │ ├─o famille [[Gracilariaceae]] │ └─o famille [[Pterocladiophilaceae]] ├─o ordre [[Halymeniales]] │ ├─o famille [[Halymeniaceae]] │ ├─o famille [[Sebdeniaceae]] │ └─o famille [[Tsengiaceae]] ├─o ordre [[Nematostomatales]] │ ├─o famille [[Nematostomataceae]] │ └─o famille [[Schizymeniaceae]] ├─o ordre [[Plocamiales]] │ ├─o famille [[Plocamiaceae]] │ ├─o famille [[Pseudoanemoniaceae]] │ └─o famille [[Sarcodiaceae]] └─o ordre [[Rhodymeniales]] ├─o famille [[Champiaceae]] ├─o famille [[Faucheaceae]] ├─o famille [[Lomentariaceae]] └─o famille [[Rhodymeniaceae]] {{boîte déroulante fin}} === Classification phylogénétique selon Yoon ''et al.'', 2006 === Les termes de ''Rhodoplantae'' ou de ''Rhodobiota'' (Rhodobiontes) proposés assez récemment par certains auteurs sont discutés. La dernière phylogénie en date propose de ne retenir que le terme de Rhodophyta (Rhodophytes) pour l'embranchement, avec deux sous-embranchements : Cyanidiophytina et Rhodophytina (Yoon ''et al.'', 2006<ref>{{en}} Yoon, Hwan Su, Müller, Kirsten M., Sheath, Robert G., Ott, Franklyn D., Bhattacharya, Debashish (2006) [http://www.biology.uiowa.edu/debweb/downloads/Files/Yoon%20et%20al%20J%20Phycol%2006.pdf Defining the major lineages of red algae (Rhodophyta). ''J. Phycol.'' 42: 482-492] </ref>). Ce travail est basé sur l'analyse des séquences de deux gènes chloroplastiques (''psaA'' et ''rbcL'') dans 48 espèces et de 7 autres séquences (''psaB'', ''psbA'', ''psbC'', ''psbD'', ''tufA'', 18SrADN et 16SrADN) dans un nombre de taxons plus restreint. {{boîte déroulante début|titre=Classification phylogénétique selon Yoon ''et al.'', 2006}} —o règne ''[[Eukaryota]]'' |—o embranchement ''[[Rhodophyta]]'' Wettstein 1901 |—o sous-embranchement ''[[Cyanidiophytina]]'' H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 | |-o classe ''[[Cyanidiophyceae]]'' Merola, Castaldo, De Luca, Gambardella, Musacchio et Taddei 1981 | |———o ordre ''[[Cyanidiales]]'' Christensen 1962 | |—o famille ''[[Cyanidiaceae]]'' Geitler 1935 | |—o famille ''[[Galdieriaceae]]'' Merola, Castaldo, De Luca, Gambardella, Musacchio et Taddei 1981 | |—o sous-embranchement ''[[Rhodophytina]]'' |-o classe ''[[Bangiophyceae]]'' Wetstein 1901 | |———o ordre ''[[Bangiales]]'' Nägeli 1847 | |—o famille ''[[Bangiaceae]]'' Engler 1892 | |-o classe ''[[Compsopogonophyceae]]'' G.W. Saunders et Hommersand 2004 | |———o ordre ''[[Compsopogonales]]'' Skuja 1939 | | |—o famille ''[[Boldiaceae]]'' Herndon 1964 | | |—o famille ''[[Compsogonaceae]]'' Schmitz in Engler et Prantl 1896 | | | |———o ordre ''[[Erythropeltidales]]'' Garbary, Hansen et Scagel 1980 | | |—o famille ''[[Erythrotrychiaceae]]'' G.M. Smith 1933 | | | |———o ordre ''[[Rhodochaetales]]'' Bessey 1907 | |—o famille ''[[Rhodochaetaceae]]'' Schmitz in Engler et Prantl 1896 | |-o classe ''[[Florideophyceae]]'' Cronquist 1960 ''(non détaillée dans l'article)'' | |—o classe ''[[Porphyridiophyceae]]'' H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 | |—––o ordre ''[[Porphyridiales]]'' Kylin ex Skuja 1939 | |—o famille ''[[Porphyridiaceae]]'' Skuja 1939 | |—o classe ''[[Rhodellophyceae]]'' Cavalier-Smith 1998 | |—––o ordre ''[[Rhodellales]]'' H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 | |—o famille ''[[Rhodellaceae]]'' H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 | |—o classe ''[[Stylonematophyceae]]'' H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 |—––o ordre ''[[Stylonematales]]'' Drew 1956 |—o famille ''[[Stylonemataceae]]'' Drew 1956 {{boîte déroulante fin}} === Position phylogénétique des ''Rhodophyta'' dans l'arbre des Eucaryotes === Deux hypothèses différentes existent. Selon, entre autres, Moreira ''et al.'' (2000)<ref>{{en}} Moreira, David, Le Guyader, Hervé, Philippe, Hervé (2000) The origin of red algae and the evolution of chloroplasts. ''Nature'' 405: 69-72 </ref>, les ''Rhodophyta'' (qu'ils nomment ''Rhodobionta'') sont le taxon-frère des ''Chlorobionta'' et ces deux groupes forment les ''Metabionta''. Selon Van de Peer & De Wachter (1997)<ref>{{en}} Van de Peer, Yves, De Wachter, Ruppert (1997) Evolutionary relationships among the eucaryotic crown taxa taking into account site-to-site rate variation in 18S rRNA. ''J Mol Evol'' 45: 619-630</ref>, Nozaki ''et al.'' (2003<ref>{{en}} Nozaki, Hisayoshi, Matsuzaki, Motomichi, Takahara, Manabu, Misumi, Osami, Kuroiwa, Haruko, Hasegawa, Masami, Shin-i, Tadasu, Kohara, Yuji, Naotake, Ogasawara, Kuroiwa, Tsuneyoshi (2003) The phylogenetic position of Red Algae revealed by multiple nuclear genes from mitochondria-containing eukaryotes and an alternative hypothesis on the origin of plastids ''J Mol Evol'' 56: 485-497</ref>, 2005), Yoon et ''al.'' (2002<ref>{{en}} Yoon, Hwan Su, Hackett, Jeremiah D., Pinto, Gabriele et Bhattacharya, Debashish (2002) [http://www.pnas.org/cgi/reprint/99/24/15507.pdf The single, ancient origin of chromist plastids], ''PNAS'' 99 (24): 15507-15512</ref> et 2004<ref>{{en}}Yoon, Hwan Su, Hackett, Jeremiah D., Ciniglia, Claudia, Pinto, Gabriele, Bhattacharya, Debashish (2004) [http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/reprint/21/5/809.pdf A Molecular Timeline for the Origin of Photosynthetic Eukaryotes, ''Mol. Biol. Evol.'' 21(5):809-818]</ref>), les ''Rhodophyta'' ne sont pas le groupe-frère des plantes vertes, et seraient à la base d'un vaste taxon comprenant des groupes précédemment rattachés aux protistes ainsi que les [[Straménopiles]]. ====Arbre phylogénétique simplifié selon Nozaki ''et al.'', 2003==== {{boîte déroulante début|titre=Arbre phylogénétique simplifié selon Nozaki ''et al.'', 2003}} └─o [[Plantae]] ├─o [[Rhodophyta]] └─o ├─o [[Glaucophyta]] └─o ├─o [[Viridiplantae]] └─o ├─o [[Discicristata]] │ ├─o [[Heterolobosea]] │ └─o │ ├─o [[Kinetoplastida]] │ └─o [[Euglenozoa]] └─o [[Chromalveolata]] ├─o [[Heterokontophyta]] └─o [[Alveolata]] ├─o [[Apicomplexa]] └─o [[Ciliophora]] {{boîte déroulante fin}} ==En savoir plus== === Notes et références === <references/> ===Autres sources bibliographiques=== * Cabioc'h, J., Floc'h, J.-Y., Le Toquin, A., Boudouresque, C.F., 2006. ''Guide des algues des mers d'Europe'', Delachaux et Niestlé (éd.). ISBN 260301384X. ===Sources internet=== * [http://www.algaebase.org/index.lasso?-session=abv3:52E973170f5ba171C0jkojE518C0 Algaebase.org] * [http://ucjeps.berkeley.edu/rlmoe/tioc/htaxlook2.out.html Catalogue of the Benthic Marine Algae of the Indian Ocean] ===Liens internes=== * [[Rhodophyta]] * [[Eukaryota (classification phylogénétique)]] ** [[Archaeplastida (classification phylogénétique)]] * [[Arbre phylogénétique]] * [[Photo-guide taxinomique de la faune et de la flore sous-marine]] * [[Photo-guide taxinomique du monde végétal]] * [[Répertoire général des ressources en botanique]] {{Portail|Origine et évolution du vivant|botanique}} [[Catégorie:Eucaryotes (classification phylogénétique)]] [[Catégorie:Rhodophyta]]