Séquenceur de gènes
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2008-03-04T19:09:53Z
Nono64
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Polymerase Chain Reaction : correction du lien "PCR"
{{Voir homonymes|Séquenceur}}
[[image:DNA-Sequencers from Flickr 57080968.jpg|thumb|300px|Plusieurs séquenceurs d'ADN]]
Un '''séquenceur de gènes''' (ou « séquenceur ») est un appareil capable d'automatiser l'opération de [[séquençage de l'ADN]].
En effet, les grands projets de séquençage, tels ceux de décryptage de génomes entiers, ne sont concevables que s'il existe des appareils permettant d'augmenter la productivité des agents humains.
Le principe de la réaction de séquençage utilisée dans les séquenceurs est dérivé de celui de la méthode de Sanger (voir [[Séquençage de l'ADN]]). Il est toujours basé sur l'utilisation de di-déshydro-nucléotides (dd-NTP), mais avec comme nuance l'utilisation de marqueurs fluorescents à la place de marqueurs radioactifs.
Les instruments les plus modernes de séquençage automatique de l'ADN sont capables de lire jusqu'à 384 échantillons marqués à la fluorescence d'un coup (''run'') et réaliser jusqu'à 24 ''runs'' en une journée. Ces instruments ne réalisent que la séparation des brins et la lecture des pics ; les réactions de séquençage, la purification et la resuspension dans un tampon approprié doivent être réalisées séparèment, le plus souvent à la main.
La magnitude du signal de fluorescence est liée au nombre de brins d'ADN présents dans la réaction. Si la quantité initiale d'ADN est petite, le signal sera faible. Cependant, les propriétés de la [[Polymerase Chain Reaction|PCR]] permettent d'augmenter le signal en augmentant le nombre de cycles dans le programme de la PCR.
==Automatisation==
Elle requiert l'emploi :
*d'un système piloté par ordinateur d'[[électrophorèse]],
*de marqueurs fluorescents dont la lumière réfléchie après excitation par un [[Laser|laser]] est captée par une cellule [[Charge-Coupled Device|CCD]],
*d'une suite logicielle permettant l'analyse des signaux sortant de l'appareil et leur mise en forme sous forme de résultats (électrophorègramme et [[Séquence d'ADN|séquence]]),
*d'un robot passeur d'échantillon permettant d'enchaîner les échantillons les uns à la suite des autres (notamment passage de [[plaque 96 puits|plaques de réaction à 96 puits]] (12x8)).
==Séquenceurs à plaques==
voir : [[Électrophorèse sur gel de polyacrylamide]]
On fait passer quatre réactions de séquençage (1 pour chaque type de nucléotide) sur 4 lignes différentes ou non.
==Séquenceurs capillaires==
voir : [[électrophorèse capillaire]]
<br>Un séquenceur de gène capillaire utilise des [[tube capillaire|tubes capillaires]] de verre de seulement quelques [[Micromètre|microns]] de diamètre, sur plusieurs dizaines de centimètres de longueur (30 à 50 cm en général), pour réaliser la séparation des brins d'ADN durant l'électrophorèse.
Les quatre nucléotides passent dans le même tube capillaire. Il faut donc utiliser quatre marqueurs fluorescents différents pour caractériser les quatre nucléotides du brin d'ADN séquencé (Adénine, Guanine, Thymine, Cytosine).
===Séquenceur monocapillaire===
Muni d'un seul capillaire. Une seule migration électrophorétique a lieu à la fois.
===Séquenceur multicapillaire===
Avec généralement un nombre de [[tube capillaire|capillaires]] multiples de 2 (2, 4, 8, 16...)
On multiplie ainsi le nombre de migrations simultanées, ce qui permet de passer un plus grand nombre d'échantillons dans le même laps de temps.
==Constructeurs==
===Séquenceurs capillaires===
*[[PerkinElmer]]
*[[Beckman Coulter]]
*[[Applera]]
===Séquenceur haut débit===
La société [[454 Life Sciences]] produit des solutions de séquençage à haut débit.
==Autres applications==
*[[Polymorphisme de conformation des simples brins]]
*Gène scans
==Voir aussi==
[[Catégorie:Équipement de laboratoire de biologie moléculaire]]
[[catégorie:génétique]]
[[en:DNA sequencer]]
[[ja:DNAシーケンサー]]