Taxinomie
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2008-06-25T14:56:58Z
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/* Étymologie */
La '''taxinomie''' ou '''taxonomie''' est la science qui a pour objet de décrire les ''[[organismes vivants]]'' et de les regrouper en entités appelées [[taxon]]s ([[famille (biologie)|famille]]s, [[genre (biologie)|genre]]s, [[espèce (biologie)|espèces]], etc.) afin de pouvoir les [[nomenclature|nommer]] et les [[classification|classer]]. C'est aussi la science des lois et règles qui déterminent l'établissement des méthodes et systèmes de classement ([[systématique]]).
<br>Cette science dispose de nouveaux moyens avec les évolutions de la génétique.
[[Émile Littré]], dans son Dictionnaire de la langue française (version 1872-1877) précisait que le mot ''« taxionomie »'' pouvait aussi être utilisé, et l'usage du terme ''« taxonomie »'' est très répandu. Ce mot aurait été créé par le botaniste suisse [[Augustin_Pyrame_de_Candolle|A. P. de Candolle]], dans son ''Traité élémentaire de la botanique'' publié en 1813 <ref>Office québécois de la langue française, http://granddictionnaire.com/</ref>.
==Étymologie ==
''Taxonomie'' aurait pour origine le grec {{grec ancien|ταξινομία}} ''taxis'', « placement »,« classement », « mise en ordre » (et indirectement le sanscrit ; taksh = « tailler », « faire », « former »), et ''nomos'' qui signifie « loi »)
== Différences entre taxonomie et systématique ==
Dans la plupart des disciplines de la [[biologie]], le terme taxonomie est inséparable de celui de [[systématique]], science qui a pour objet de ''dénombrer'' et de ''classer'' les taxons dans un certain ordre, basé sur des principes divers.
Dans la pratique, le terme « systématique » désigne aussi bien la méthode utilisée (on dira par exemple la « systématique phylogénétique ») que le résultat obtenu avec cette méthode (la « systématique des Agaricales »). Dans le sens concret de résultat, les deux sciences sont peu distinctes et souvent confondues, car pratiquées simultanément par les mêmes personnes. Les taxinomistes ont de tout temps été nommés systématiciens, car après avoir étudié et décrit des organismes, ils ont tout naturellement essayé de les classer à partir du bas niveau des [[espèce (biologie)|espèces]] (''alpha taxonomy'' ou « taxinomie primaire »).
Ceux qui utilisent surtout le sens de méthode, les [[phylogénétique|phylogénéticiens]] notamment, nomment souvent le résultat classification ou encore « taxinomie ».
==Historique de la taxonomie==
Le terme fut créé en [[1813]], sous l'orthographe de « taxonomie », par le botaniste suisse [[Augustin Pyrame de Candolle]] (1778-1841) dans sa ''Théorie élémentaire de la botanique ou exposition des principes de la classification naturelle et de l'art de décrire et d'étudier les végétaux''<small><ref>1{{re}} éd., Paris, Déterville, 1813</ref></small>, pour désigner dans sa « théorie des classifications » à la fois la méthode et ce qu'il a qualifié de « bases de la botanique philosophique » (''Mémoires et souvenirs'', Livre III, § 11<small><ref>Candolle, Augustin-Pyramus de, ''Mémoires et souvenirs'' (1778-1841), éd. Alphonse de Candolle, Genève, Cherbuliez, 1862 — réédité en 2004 sous la direction Jean-Daniel Candaux et Jean-Marc Drouin avec le concours de Patrick Bungener et René Sigrist. Georg Éditeur (Chêne-Bourg, Genève), collection Bibliothèque d’histoire des sciences : xv + 591 p. {{ISBN|2-8257-0832-1}}.</ref></small>).
Bien que, comme la méthode de [[Jussieu]], elle utilise les [[nom binominal|binômes linnéens]] et préconise la « méthode naturelle » opposée au « système artificiel » de [[Carl von Linné]], la taxonomie proposée par de Candolle s'en écarte par l'importance donnée aux coupures. Alors que pour Linné et Jussieu, la nature « ''ne fait pas de saut'' », Candolle insiste sur les discontinuités qui sont à la base de la notion de [[taxon]], à la fois ''entité'' et ''coupure''.
Le terme est devenu d’usage courant aujourd’hui, soit dans la graphie originale, mais étymologiquement contestée, de taxonomie, soit sous la graphie corrigée par [[Émile Littré]] de taxinomie, mais l'autre graphie reste néanmoins très répandue, notamment en raison de sa conservation dans la traduction anglaise, ''taxonomy''. Sur la controverse étymologique, voir Fischer et Rey (1983)<small><ref>Fisher, Jean-Louis et Rey, Roselyne, « De l’origine et de l’usage des termes taxinomie-taxonomie », in ''Documents pour l’histoire du vocabulaire scientifique'', vol. V, p. 97-113.</ref></small>.
== Origine et évolution des modèles ==
Toutes les [[classification]]s se présentent sous la forme d'un [[Arbre (informatique)|arbre]] (classement arborescent), depuis une racine incluant tous les êtres [[vie|vivants]] existants ou ayant existé, jusqu'aux [[individu]]s.
Chaque nœud de l'arbre définit un [[taxon]], qui groupe tous les sous-taxons qu'engendre le nœud.
Mais, par le passé, il n’en a pas toujours été ainsi. Le [[naturaliste]] suédois [[Carl von Linné]] ([[1707]] - [[1778]]) posa les fondations de la systématique, et fut l'auteur d'une classification dont les grands principes furent la base de la systématique scientifique jusqu'au milieu du {{XXe siècle}}.
La systématique classique (parfois dite « linnéenne », dont l'ordre hiérarchique interne des [[taxons]] était fondé à l'origine sur des critères de ressemblance « morphologique » et d'affinités supposées. Bien que fortement [[anthropocentrisme|anthropocentrique]] et reflétant des causes de la [[biodiversité|diversité des êtres vivants]] ([[créationnisme|création divine]]) telles qu’on les pensait voici 250 ans, elle fait encore, en ce début du {{XXIe siècle}}, partie du bagage culturel commun de tous les naturalistes. Mais par la suite, au fur et à mesure de l'avancée des connaissances, notamment à partir des travaux de [[Lamarck]] et [[Charles Darwin|Darwin]], cet ordre a rapidement eu l'ambition de donner par surcroît une image de l'[[Évolution (biologie)|évolution]].
L’anthropocentrisme fut battu en brèche avec [[Charles Darwin]] qui recommande en [[1859]] une classification purement [[généalogie|généalogique]]. S’il y a eu évolution, les espèces doivent être classées selon leur degré d’apparentement évolutif. Mais il faudra attendre près d’un siècle pour que nous y arrivions vraiment, et d'abord pour que nous acceptions la généalogie comme inaccessible (qui descend de qui ?) pour mieux nous concentrer sur la phylogénie (qui est plus proche de qui ?).
Dans la deuxième moitié du {{XXe siècle}}, la systématique dite phylogénétique s'est développée à partir d'une méthode de reconstruction qui a connu un développement foudroyant: la cladistique, initiée par Hennig en [[1950]]. Cette méthode est fondée globalement sur des relations évolutives pour laquelle le critère fondamental du choix de la classification est qu'elle doit refléter strictement la phylogénie, c'est-à-dire les degrés d’apparentement entre espèces. La notion même d'une telle phylogénie est une conséquence de la [[théorie de l'évolution]], et le succès prédictif des arbres phylogénétiques une des preuves de cette théorie.
L'approche phylogénétique actuelle fait appel aux données de la cladistique, mais ses exigences se résument à n'accepter que des taxons monophylétiques, c'est-à-dire correspondant à un [[clade]] donné. Elle demande que les taxons soient limités à ceux qui respectent les deux conditions suivantes :
* tous les individus du taxon descendent d'un individu ancestral particulier ;
* tous les descendants de cet ancêtre particulier sont dans le taxon.
On parle alors seulement de taxon monophylétique ou clade. Cette contrainte a amené des modifications fondamentales de la classification scientifique, certaines renversant le « sens commun » modelé par l'héritage culturel. Ainsi les [[dinosaure]]s n'ont pas [[Extinctions du crétacé|disparu]], la systématique moderne incluant les [[oiseau]]x dans le groupement « dinosaures ».
Parmi d'autres exemples, les taxons traditionnels comme ''reptiles'', ''poissons'', ''algues'', ''dicotylédones'', ''pongidés'', n'ont pas droit de cité en systématique phylogénétique, car considérés polyphylétiques (origines multiples) ou paraphylétiques (incomplets). D'autres ont survécu avec quelques séquelles, comme ''champignons''. Enfin, certains ont surmonté la tempête, comme ''animal'' ([[métazoaires]]) ou ''mammifères''. Remarquons qu'il n'y avait rien d'évident à ce que tous les animaux multicellulaires partagent un ancêtre commun qui les sépare de tout végétal ou champignon.
À part cela, sa structure reste fondamentalement de type linnéen et sa nomenclature également.
Il y a plusieurs approches techniques pour élaborer les arbres phylogénétiques.
* L'approche cladistique cherche en particulier à déterminer les caractères propres à une branche, qui « signent » un apparentement.
* L'approche phénétique, une classification basée uniquement sur des mesures de distance entre taxons (évaluées par exemple en comptant les différences de séquences d'ADN) sans chercher à faire une interprétation phylogénétique.
* L’approche probabiliste qui construit des arbres phylogénétiques en utilisant des modèles d’évolution des caractères (le plus souvent moléculaires, mais pas obligatoirement).
Selon les publications, on trouve à ce jour des classifications de tout type, depuis la classification traditionnelle à peine remaniée, jusqu'aux classifications strictement phylogénétiques en passant par différents mélanges, par exemple gardant les catégories, mais s'alignant sur les découvertes récentes en matière de phylogénie.
==Tendance et prospective==
D'importants progrès en [[génomique]] ont été permis par l'[[analyse génétique]] automatique et le développement des outils et modèles informatiques. Ils imposent et permettent la redéfinition de certaines espèces ou groupes d'espèces et permettraient une meilleure connaissance et suivi des espèces.
<br>Plaul Hebert (Université de Guellph (Ontario) a proposé<ref>[http://www.dnabarcodes.org projet BOLD] ( « ''Code Bar Of Life'' » )</ref> de constituer une sorte de bibliothèque<ref>Hebert P et al. (2003) Proc Roy Soc Lond Ser B 270, 313-21</ref> des espèces en utilisant des ''codes-barres génétiques'' identifiant potentiellement chaque espèces vivantes connue à partir d'un marqueur (chez l'animal, une région de 648 paires de bases dans un gène (CO1) de l'ADN mitochondrial). Fin 2007, 160 organisations, de 50 pays, s'étaient associées à ce projet, la base de donnée comprenant déjà plus de 318 000 séries décrivant près de 33 900 espèces. Cette approche a des limites (confusions en cas d'hybridation ou si une espèce a divergée récemment, informations sur l'espèce, mais non sur sa position dans l'arborescence phylogénétique) mais présente un intérêt pour les besoins de traçabilité (aliments, dont par exemple les poissons souvent vendus sous des noms différents pour une même espèce), pour de nombreuses études en [[écologie]], pour les industries biotechnologiques. Ce travail permet aussi de corriger des erreurs en taxonomie. Par exemple, un seul nom désignait en fait 3 espèces différentes de sangsues médicinales européennes (dont ''[[Hirudo medicinalis]], [[Hirudo verbana]])''<ref>Source : Biofutur, déc 2007, n° 283, page 6</ref> susceptibles d'être commercialisées, alors qu'une seule a été bien étudiée pour ses propriétés.
== La notion d'[[espèce]] ==
Un concept important de classification, assez stable, est celui d'[[espèce]]. Ce groupement est relativement bien défini, du moins pour les espèces à [[reproduction (biologie)|reproduction]].
L'espèce se définit comme une communauté d'êtres vivants interféconds (ou ''interfertiles'', capables de se reproduire entre eux), pouvant échanger du matériel génétique et produisant des descendants eux-mêmes féconds (en effet, certains individus du même [[Genre (biologie)|genre]] mais appartenant à des espèces différentes peuvent se croiser pour donner un individu [[hybride]], mais celui-ci est le plus souvent stérile). Dans le cas de la multiplication strictement [[multiplication asexuée|asexuée]], on parle abusivement d'espèces à la place de lignée, le groupement étant alors purement phylogénétique. Le cas des entités à la limite du vivant ([[virus]], [[prion (protéine)|prion]]s) est encore différent ; elles sont en général exclues des classifications. Une autre difficulté à citer est celle des symbioses strictes, comme les [[lichen]]s (qui combinent un organisme de nature fongique, et un organisme capable de photosynthèse, de nature végétale), mais en général, un des deux partenaires est capable de vivre sans s'associer à l'autre, et l'on peut les classer dans deux espèces distinctes, avec comme caractéristique d'une des deux espèces de ne pouvoir survivre sans l'autre.
''Stricto sensu'', le concept d'espèce suppose implicitement une [[hypothèse]] forte qui est la [[transitivité (mathématiques)|transitivité]] des interfécondations possibles ; en d'autres termes, on suppose que si X1 est interfécond avec X2, X2 avec X3, etc., X1 sera interfécond avec Xn quelle que soit la longueur de la chaîne. [[Konrad Lorenz]] signale que cette supposition n'est pas toujours vraie, en particulier chez des [[oiseaux]] marins entre continents. Il faut d'ailleurs bien que ce genre de discontinuité existe pour qu'un phénomène de [[spéciation]] commence à apparaître lui aussi.
===[[nom binominal|Binôme latin]]===
Les espèces sont nommées selon le [[nom binominal|système binominal]] mis en place par [[Carl von Linné]]. Un nom d'espèce est la combinaison de deux mots latins (jusqu'à trois dans certaines disciplines, pour une sous-espèce, variété ou forme) généralement écrits en [[italiques]] : un nom de genre, suivi d'une ou deux épithètes spécifiques.
Au-dessous du rang de genre, tous les noms de taxons sont appelés combinaisons. On distingue plusieurs catégories de combinaisons :
*Entre genre et espèce (sous-genre, section, sous-section, série, sous-série, etc.), les combinaisons sont infragénériques et [[Nom binominal|binominales]]: nom de genre, puis après indication du rang, une épithète infragénérique, par exemple le [[cèpe]] appartient à la section « ''Boletus'' sect. ''Edules'' » ;
*Au rang d'espèce, les combinaisons sont spécifiques et [[Nom binominal|binominales]] ;
*Au-dessous de l'espèce, les combinaisons sont infraspécifiques et [[Nom binominal#Quand le binôme devient trinôme|trinominales]].
Pour les détails, voir [[nom binominal]] et [[rang taxinomique]].
===Citation d'auteurs===
Lorsque la précision est nécessaire, on fait suivre le binôme de la citation d'auteurs et de la date (l'année suffit) de la publication princeps. Par exemple, « ''Panthera leo'' Linnaeus, 1758 » désigne le [[taxon]] au rang d'espèce, appelé en français « lion », telle que défini et nommé par [[Carl von Linné]] à cette date. Voir les détails sur les pages [[citation d'auteurs en botanique]] et [[citation d'auteurs en zoologie]]
==Notes==
<references />
== Homonymie en informatique ==
En informatique, le terme taxinomie ([[:en:taxonomy|taxonomy]] en anglais) désigne une ''méthode de classification'' des informations dans une architecture structurée de manière évolutive. Le terme est couramment employé pour des systèmes de gestion de contenu ([[Système de gestion de contenu|CMS]]).
== Voir aussi ==
=== Articles connexes ===
* [[Taxon]]
* [[Classification scientifique]] ([[Classification classique|Systématique classique]])
* [[Classification phylogénétique]]
* [[Arbre phylogénétique]]
=== Liens externes ===
{{Wiktionnaire}}
* [http://tolweb.org/tree/ Tree of Life Web Project] Une classification visant à couvrir tout le vivant, aisée à parcourir (pas toujours mise à jour !)
* [http://www.treebase.org/treebase/index.html TreeBASE] Base de données de publications sur la phylogénétique, très technique
* [http://www.tela-botanica.org/code] Code international de nomenclature botanique de Saint-Louis
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Taxonomy] Base de données de Taxinomie : The NCBI Entrez Taxonomy Homepage
* [http://lis.snv.jussieu.fr/sfs/publications_sfs.shtml Reconstruction phylogénétique] P. Darlu et P. Tassy (Fichier PDF gratuit à télécharger)
* [http://www.funet.fi/pub/sci/bio/life/insecta/lepidoptera/ditrysia/noctuoidea/noctuidae/noctuinae/agrotis/index.html Exemple de site Internet en arborescence sur la taxonomie]
=== Références ===
*[http://www.livre-franchecomte.com/pdf/colloque/Drouin.pdf Théorie des classifications de de Candolle (Un botaniste philosophe) Fichier PDF]
* [R1] ''[[Classification phylogénétique du vivant]]'', [[Guillaume Lecointre]] et [[Hervé Le Guyader]], Belin
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