-IFT3295-AUTOMNE-2017

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Calendrier IFT3295
Notes de cours
TP IFT3295

CENTRE DE MESSAGES:

Horaire:

  • Mardi 13:30-15:30, Local C-7149 Pav. Lionel-Groulx

  • Lundi 9:30-10:20, Local Z-200 Pav. Claire McNicoll

  • Lundi 10:30-12:20, Local Z-200 Claire McNicoll

  • Examen INTRA:
  • Mardi 17 Octobre 13:30-15:30, Local N-515 Roger Gaudry

    Examen FINAL:

  • Mardi 19 Decembre 13:30-16:30, Local Z-310 Claire McNicoll

  • IFT3295

    Bio-informatique génomique

    Automne 2017


    Présentation générale.



    Professeur: Nadia El-Mabrouk
    Démonstrateurs: Emmanuel Noutahi
    Courriel: mabrouk AT iro.umontreal.ca
    Courriels: noutahie AT iro.umontreal.ca
    Local: 3163
    Local: 3174




    Qu'est ce que la Bio-informatique?

    La bio-informatique est une spécialisation de l'informatique dédiée au traitement de l'information biologique. C'est une discipline relativement jeune, qui a débutée dans les années 70, et s'est dèveloppée de façon plus intense avec le projet du génome humain au début des années 2000. La bio-informatique est un champ d'étude pluridisciplinaire où travaillent de concert biologistes et informaticiens sur la modélisation des phénomènes du vivant.

    Ce cours ...

    ... est consacré à la bio-informatique. Il intéressera l'informaticien désireux d'en savoir plus sur cette discipline, qu'il soit simple curieux ou celui qui désire étudier ses questions fondamentales et les structures algorithmes qu'on utilise pour y répondre.

    Il s'agit d'une introduction à l'algorithmique de la discipline. Ainsi, aucune notion de biologie n'est pré-requise.

    Quelques références


    Quelques livres

    • "Algorithms on Strings, Trees and Sequences - Computer Science and Computational Biology", Dan Gusfield, Cambridge University Press, 1997.
    • "Models and Algorithms for Genome Evolution", Cédric Chauve, Nadia El-Mabrouk and Eric Tannier, Computational Biology series, Springer, 2013.
    • "Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire", Guy Perrière et Céline Brochier-Armanet, Springer, 2010.
    • "Handbook of Computational Molecular Biology", S. Aluru, Chapman & Hall/CRC, 2006.
    • "Bioinformatics algorithms - Techniques and applications", I.I. Mandoiu and A. Zelikovsky, Wiley Series on Bioinformatics, 2008.
    • " Biological sequence analysis - Probabilistic models of proteins and nucleic acids", R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh and G. Mitchison, 1998.
    • "Introduction to Computational Molecular Biology", J. Setubal and J. Meidanis, PWS Publishing Company, 1997.
    • "Combinatorics of Genome Rearrangements", G. Fertin, A. Labarre, I. Rusu, E. Tannier and S. Vialette, The MIT Press, 2009.

    Quelques journaux de référence