-IFT6291/BIN6000-AUTOMNE-2011

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Projet

CENTRE DE MESSAGES:

Horaire:

  • Lundi 10:30-12:30, Local Z-200 Pavillon C-MCNICOLL

  • Mardi 13:30-15:30, Local 1409 Pavillon AA
  • INTRA:
  • Mardi 18 Octobre 13:30-15:30, Local 11175 Pavillon AA

  • Aucune documentation permise
  • IFT6295/BIN6000 - Bio-informatique génomique

    Automne 2011


    Présentation générale.



    Professeur: Nadia El-Mabrouk
    Courriel: mabrouk AT iro.umontreal.ca
    Local: 3163




    Qu'est ce que la Bio-informatique?

    La bio-informatique est une spécialisation de l'informatique dédiée au traitement rationnel de l'information biologique. Elle s'est développée depuis le début des années 90 et parallèlement au projet du génome humain. La bio-informatique est un champ d'étude pluridisciplinaire où travaillent de concert biologistes et informaticiens sur la modélisation des phénomènes du vivant.

    Ce cours ...

    ... est consacré à la bio-informatique. Les thèmes biologiques abordés concernent l'annotation et l'analyse des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines), et l'étude de leur évolution. Le cours sera orienté vers les méthodes algorithmiques utilisées pour aborder les problématiques biologiques soulevées.

    Le cours a pour objectif d'introduire l'étudiant à la recherche théorique en bioinformatique. Nous travaillerons sur la lecture et la compréhension approfondie d'articles scientifiques, ainsi que sur la réalisation d'un petit projet de recherche.

    Quelques livres de référence

    • "Handbook of Computational Molecular Biology", S. Aluru, Chapman & Hall/CRC, 2006.
    • "Bioinformatics algorithms - Techniques and applications", I.I. Mandoiu and A. Zelikovsky, Wiley Series on Bioinformatics, 2008.
    • "Algorithms on Strings, Trees and Sequences - Computer Science and Computational Biology", Dan Gusfield, Cambridge University Press, 1997.
    • " Biological sequence analysis - Probabilistic models of proteins and nucleic acids", R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh and G. Mitchison, 1998.
    • "Introduction to Computational Molecular Biology", J. Setubal and J. Meidanis, PWS Publishing Company, 1997.
    • "Combinatorics of Genome Rearrangements", G. Fertin, A. Labarre, I. Rusu, E. Tannier and S. Vialette, The MIT Press, 2009.


    Quelques journaux de référence

    Quelques liens utiles

    A venir...