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IFT6295/BIN6000 - Bio-informatique génomique
Automne 2011
Présentation générale.
Qu'est ce que la Bio-informatique?
La bio-informatique est une spécialisation de l'informatique dédiée au traitement rationnel de l'information biologique. Elle s'est développée depuis le début des années 90 et parallèlement au projet du génome humain. La bio-informatique est un champ d'étude pluridisciplinaire où travaillent de concert biologistes et informaticiens sur la modélisation des phénomènes du vivant.
Ce cours ...
... est consacré à la bio-informatique. Les
thèmes biologiques abordés concernent l'annotation et
l'analyse des séquences biologiques (ADN, ARN,
protéines), et l'étude de leur évolution. Le
cours sera orienté vers les méthodes algorithmiques
utilisées pour aborder les problématiques biologiques
soulevées.
Le cours a pour objectif d'introduire l'étudiant à la
recherche théorique en bioinformatique. Nous travaillerons sur
la lecture et la compréhension approfondie d'articles
scientifiques, ainsi que sur la réalisation d'un petit projet
de recherche.
Quelques livres de référence
- "Handbook of Computational Molecular Biology", S. Aluru,
Chapman & Hall/CRC, 2006.
- "Bioinformatics algorithms - Techniques and applications", I.I. Mandoiu and A. Zelikovsky, Wiley Series on Bioinformatics, 2008.
- "Algorithms on Strings, Trees and Sequences - Computer
Science and Computational Biology", Dan Gusfield, Cambridge University
Press, 1997.
- " Biological sequence analysis - Probabilistic models of proteins and nucleic acids", R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh and G. Mitchison, 1998.
- "Introduction to Computational Molecular Biology", J. Setubal
and J. Meidanis, PWS Publishing Company, 1997.
- "Combinatorics of Genome Rearrangements", G. Fertin, A. Labarre, I. Rusu, E. Tannier and S. Vialette, The MIT Press, 2009.
Quelques journaux de référence
Quelques liens utiles
A venir...
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