Acétates

Introduction (vendredi 10 janvier) PDF
Notez que le fichier PDF inclut des liens vers des sites WWW: je vous recommende fortement de suivre les liens et naviguer sur les sites un peu pour avoir une première impression sur la nature de l'information dont le traitement sera le sujet de ce cours.
Lisez la lecture recommandée.
Alignements (15 janvier - 22 janvier) PDF.
Cette partie du cours est basée sur chapitre 11 du livre de Gusfield.
Exercice pour l'alignement global de deux séquences:
  1. Les deux séquences sont les suivantes.
    >souris
    MSALLILALVGAAVAFPVDDDDKIVGGYTCRESSVPYQVSLNAGYHFCGGSLINDQWVVSAAHCYKYRIQ
    VRLGEHNINVLEGNEQFVDSAKIIRHPNYNSWTLDNDIMLIKLASPVTLNARVASVPLPSSCAPAGTQCL
    ISGWGNTLSNGVNNPDLLQCVDAPVLPQADCEASYPGDITNNMICVGFLEGGKDSCQGDSGGPVVCNGEL
    QGIVSWGYGCAQPDAPGVYTKVCNYVDWIQNTIADN
    
    >grenouille
    MKFLVILVLLGAAVAFEDDDKIVGGFTCAKNAVPYQVSLNAGYHFCGGSLINSQWVVSAAHCYKSRIQVR
    LGEHNIALNEGTEQFIDSQKVIKHPNYNSRNLDNDIMLIKLSTTARLSANIQSVPLPSACASAGTNCLIS
    GWGNTLSSGTNYPDLLQCLNAPILTDSQCSNSYPGEITKNMFCAGFLAGGKDSCQGDSGGPVVCNGQLQG
    VVSWGYGCAQRNYPGVYTKVCNFVTWIQSTISSN
    
    Il s'agit de séquences P07146 et P70059.
  2. Alignez les deux séquences: utilisez l'interface EMBOSS needle. Copiez les deux séquences (enter the sequence data manually here) ci-dessus et pressez Run (vérifiez qu'il n'y a pas de lignes vides avant >souris. et >grenouille). Les options de défaut sont OK.
  3. Examinez l'alignement et vérifiez si les caractèristiques structurales décrites sur les pages de SWISS-PROT sont préservées (Features: DISULFID).
  4. L'alignment peut être visualisé par prettyplot en couleur: choisissez MSF Format pour le format avec needle, copiez ou sauvegardez l'alignement trouvé.
Exercice pour l'alignement local de deux séquences:
  1. On va aligner la séquence protéique du gène humain HOXA5 et celle du gène HOXD3 du poulet. Suivez le lien en bas de la page pour le FASTA format.
  2. Notez que les longueurs et compositions des deux séquences sont assez différentes. (Si vous voulez vous convaincre, essayez de les aligner avec needle et afficher l'alignement global avec prettyplot comme dans l'exercice précédent.)
  3. Performez un alignement local avec water, une implémentation de l'algorithme Smith-Waterman. Utilisez un gros coût pour des espaces/trous (p.e. gap opening penalty=23, gap extension penalty=0.5, matrice de défaut). L'alignement devrait trouver le homeobox présent dans tous les deux gènes (vérifiez sur le NiceProt view de Swiss-Prot, sous Features). Est-ce que les même régions sont trouvées avec d'autres paramètres de score?
Région promoteur sigma A pour l'opéron lactose de la colibacille dont je parlais au cours. Identifiez le -10 box (séquence typique TTGACA) et le -35 box (séquence typique TATAAT) dans la région promoteur. Est-ce que les séquences actuelles sont identiques aux séquences typiques? Voir aussi le lien sur les mécanismes de régulation de l'expression génétique.
Alignement multiple (24 janvier - 7 février) PDF.
Lisez les articles sur les modèles de Markov cachés. Notez que j'ai trouvé un article en français qui peut remplacer les deux autres en anglais.
La discussion de modèles de Markov cachés est basée sur le livre de Durbin, Eddy, Krogh et Mitchison, sections 3-3.5, 4-4.2, 5-5.5.
Recherche de séquences (7 février - 14 février, 26 février) PDF.
Cette partie du cours est basée sur le livre de Gusfield, sections 1.1-1.5 (Z), 2.1-2.2 (Boyer-Moore), 4.4 (Rabin-Karp), et 15.6 (BLAST).
J'ai affiché un lien vers un site qui décrit un grand nombre d'algorithmes pour la recherche exacte, avec des applets Java illustrant leur fonctionnement.
Phylogénies (28 février, 12 et 14 mars, 21 mars) PDF.
Cette partie du cours est basée sur le livre de Gusfield, sections 17.3 (phylogénie parfaite) et 17.6.1 (parcimonie), et sur le livre de Waterman, sections 14.1-14.2.1 (bipartitions).
La matière (modelisation de mutations par processus de Markov et la notion de taux d'évolution) des derniers deux acétates (pages 31 et 32) est optionnelle: vous en trouverez davantage dans section 14.4.1 du livre de Waterman.
Structure (26 mars) Conférencier invité: François Major.
Expression de gènes (19 et 28 mars) PDF.
Séquençage (2 et 4 avril) PDF.
Cette partie du cours est basée sur le livre de Gusfield, sections 16.1, 16.2, 16.5, 16.6.2, 16.9 (cartes STS), 16.14, 16.15, 16.16 (séquençage shotgun); et sur le livre de Waterman, sections 6 (statistiques pour cartes physiques), 7.1 (séquençage shotgun). Notez que Waterman donne une analyse plus profonde que celle du cours: il suffit de connaître les théorèmes présentés au cours seulement.
Calcul moléculaire (le 9 avril) .
Vous trouverez un peu sur ce sujet dans section 18.3 du livre de Gusfield, consultez les liens pour des articles et sites.